若仲裁协议违反专属管辖，该仲裁协议通常会被认定为无效。以下从多个角度为你详细分析：
法律背景与规定
专属管辖是法律明确规定某些类型的案件只能由特定的法院管辖，这体现了法律对特定类型案件管辖权的特殊安排。根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议应当具有选定的仲裁委员会，并且仲裁事项没有超出法律规定的仲裁范围。如果仲裁协议违反了专属管辖的规定，即试图将依法应由特定法院管辖的案件提交仲裁，那么这样的仲裁协议就因违反了法律的强制性规定而无效。
具体情形分析
仲裁协议内容违法：
- 如果仲裁协议中约定的仲裁事项属于法律规定的专属管辖范围，如因不动产纠纷提起的诉讼应由不动产所在地法院管辖，但仲裁协议却约定将此类纠纷提交仲裁，那么该仲裁协议无效。
仲裁协议形式或程序违法：
- 除了内容违法外，如果仲裁协议的形式或签订程序违反了法律规定，也可能导致仲裁协议无效。但在此问题中，我们主要关注的是违反专属管辖这一内容违法情形。
法律后果与建议
法律后果：
- 一旦仲裁协议被认定为无效，当事人就不能依据该仲裁协议向选定的仲裁委员会申请仲裁。如果双方因此发生争议，应当依法向有管辖权的法院提起诉讼。
建议：
- 审查仲裁协议：在签订仲裁协议前，务必仔细审查协议内容，确保仲裁事项不违反法律的强制性规定，特别是专属管辖的规定。
- 咨询专业律师：如果你对仲裁协议的有效性存在疑问，或者已经因仲裁协议违反专属管辖而面临法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以便获得针对性的法律建议和帮助。
- 重新协商或签订协议：如果发现仲裁协议存在违反专属管辖等无效情形，双方可以重新协商并签订有效的仲裁协议，或者选择通过诉讼方式解决争议。
实际操作中的注意事项
- 及时主张无效：如果一方认为仲裁协议违反专属管辖而无效，应当在仲裁程序开始前或仲裁过程中及时提出异议，否则可能被视为放弃主张无效的权利。
- 保留证据：在主张仲裁协议无效时，应当保留好相关证据，如仲裁协议文本、相关法律法规等，以便在争议解决过程中证明自己的主张。
总之，仲裁协议违反专属管辖是一个严重的法律问题，可能导致仲裁协议无效。因此，在签订仲裁协议时务必谨慎对待，确保协议内容合法有效。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。