在一般情况下，有效的仲裁协议优先于专属管辖，即仲裁协议可以排除专属管辖。但需注意，特定类型案件可能涉及国家利益或社会公共利益，此时专属管辖可能优先；同时，若仲裁协议无效或可撤销，则不能排除法院的管辖权。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国仲裁法》第五条：明确规定当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这一条款直接确立了仲裁协议对诉讼管辖权的排除效力，包括专属管辖。

2. 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》等相关司法解释：也进一步细化了仲裁协议排除诉讼管辖的具体操作规则，强调了仲裁协议对诉讼管辖权的优先性。

二、仲裁协议排除专属管辖的原理

1. 意思自治原则：仲裁协议是双方当事人自愿达成的，将他们之间的特定争议提交仲裁解决的约定。它充分尊重了当事人的自主选择权，即当事人有权自主决定以何种方式解决他们之间的纠纷。即使纠纷可能属于法院专属管辖的范畴，基于有效的仲裁协议，也应优先适用仲裁程序。

2. 仲裁制度的特性：仲裁具有自愿性、专业性、灵活性、保密性和快捷性等特点。当事人选择仲裁，往往是对这些特性的认可和需求。为了保障仲裁制度的有效运行和维护当事人对仲裁的合理预期，法律赋予有效的仲裁协议排除法院管辖（包括专属管辖）的效力。

三、特殊情况

1. 专属管辖的例外：尽管仲裁协议一般优先，但有些法律可能规定了特定类型案件的专属管辖，这些案件通常涉及国家利益、社会公共利益等重要方面。例如，涉及不动产的纠纷可能由不动产所在地法院专属管辖。在这种情况下，专属管辖可能优先于仲裁协议。但这种情况较为少见，且需有明确的法律规定。

2. 仲裁协议的无效或可撤销：如果仲裁协议被认定无效、失效或者内容不明确无法执行，那么就不能再依据仲裁协议进行仲裁。此时，如果纠纷属于法院专属管辖的范围，则应按照专属管辖的规定，由相应的法院来受理案件。例如，仲裁协议约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围，或者仲裁协议对仲裁委员会没有约定且达不成补充协议的，该仲裁协议无效。

四、实践建议

1. 签订有效的仲裁协议：当事人在签订仲裁协议时，应确保协议内容明确、合法，并符合仲裁法的相关规定。避免因为仲裁协议无效或可撤销而导致无法排除法院的管辖权。

2. 了解专属管辖的规定：在签订仲裁协议前，当事人应了解相关法律法规中关于专属管辖的规定。如果纠纷可能涉及专属管辖的范畴，应谨慎考虑是否签订仲裁协议，或者咨询专业律师以获取更准确的法律意见。

3. 及时咨询专业律师：在发生纠纷时，如果涉及仲裁协议与专属管辖的优先级问题，当事人应及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况判断仲裁协议的有效性以及专属管辖的适用性，并为当事人提供准确的法律意见和帮助。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款，约定将因合同产生的争议提交某仲裁机构进行仲裁。后来，双方因合同履行产生纠纷，甲方向法院起诉。此时，如果仲裁条款有效且不存在其他例外情况，法院应当依据仲裁法的规定不予受理甲方的起诉，并告知其向仲裁机构申请仲裁。这就是仲裁协议排除专属管辖的一个典型例子。

总之，仲裁协议在一般情况下可以排除专属管辖，但需注意特定类型案件和仲裁协议无效或可撤销等例外情况。当事人在签订仲裁协议和发生纠纷时，应及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。