结论：仲裁协议在一般情况下不能违反专属管辖，但在满足特定条件时，合法有效的仲裁协议可以排除法院的专属管辖。以下是对此问题的详细分析：

1. 仲裁协议与专属管辖的基本原则

   • 仲裁协议是双方当事人自愿达成的，将争议提交仲裁机构裁决的书面约定，体现了当事人的意思自治原则。
   • 专属管辖则是法律强制规定的，某类案件只能由特定法院管辖的制度，具有极强的排他性、优先性与强制性，通常涉及国家公共利益或重大社会利益。

2. 仲裁协议不能违反专属管辖的一般原则

   • 专属管辖作为法律强制规定，其目的在于维护国家的司法主权、社会公共利益以及法律适用的确定性和统一性。
   • 对于专属管辖范围内的案件，即使当事人达成了仲裁协议，若该协议涉及专属管辖事项且违反法律强制性规定，该部分仲裁协议可能会被认定无效。例如，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖，此类纠纷的仲裁约定若违反此规定，则可能无效。

3. 仲裁协议可以排除专属管辖的特殊情形

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这表明，在仲裁协议有效的情况下，它具有排除法院管辖（包括专属管辖）的效力。
   • 然而，这一排除必须是明确的、有效的，且不能违反法律的强制性规定。如果涉及国家利益、公共秩序等重大问题，或者仲裁协议的排除违反了法律的明确规定，法院可能会保留对案件的管辖权。

4. 司法实践中的综合判断

   • 在司法实践中，对于仲裁协议能否排除专属管辖的认定，法院会综合考虑各种因素，包括纠纷的性质、法律规定、当事人的意思表示以及仲裁协议的具体内容等。
   • 法院会根据具体案件的情况，结合相关法律规定进行综合判断，以确定仲裁协议是否能够排除专属管辖。

法律建议：

• 在签订仲裁协议前，当事人应充分了解相关法律法规和仲裁规则，确保协议的合法性和有效性。特别是要注意仲裁协议是否涉及专属管辖事项，以及是否违反法律强制性规定。
• 如果发生纠纷，且纠纷可能涉及专属管辖，当事人应及时咨询专业律师（即我本人，畅军峰律师，专注于刑事辩护、合同纠纷、婚姻家庭、拆迁安置、知识产权、行政纠纷领域），以获取更准确的法律意见和帮助。律师将根据具体情况，结合相关法律规定和仲裁规则，为当事人提供专业的法律建议。

可能后果：

• 如果仲裁协议被认定无效或违反专属管辖规定，当事人可能无法依据仲裁协议进行仲裁，而需要向有管辖权的法院提起诉讼。
• 如果仲裁协议有效且符合法律规定，当事人则应按照仲裁协议的约定向仲裁机构申请仲裁，法院将不予受理相关诉讼。