仲裁协议在特定条件下可以对抗专属管辖，但并非绝对。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁协议与专属管辖的基本概念
仲裁协议：是双方当事人自愿达成，将争议交由仲裁机构进行裁决的书面协议。它具有排除法院管辖的效力，即一旦双方达成有效的仲裁协议，就应当通过仲裁方式解决争议，而非诉讼。
专属管辖：是法律明确规定特定类型的案件只能由特定的法院管辖，具有强制性和排他性。例如，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。
二、仲裁协议对抗专属管辖的条件
仲裁协议的有效性：
- 仲裁协议必须合法有效，即符合法律规定的形式和实质要件。
- 仲裁协议应当明确约定仲裁事项和仲裁机构，且不得违反法律法规的强制性规定。
争议范围：
- 仲裁协议约定的争议范围必须与专属管辖的案件范围相契合，即争议事项应当属于仲裁协议约定的范围，且同时属于专属管辖的范畴（但此处需注意，通常专属管辖案件会排除仲裁协议的适用，除非有特别规定或双方有特别约定）。然而，在更宽泛的意义上理解，若双方能在专属管辖外就特定争议达成有效仲裁协议，则可能在该争议范围内排除诉讼管辖。
- 实际上，在专属管辖案件中，仲裁协议往往难以直接对抗专属管辖，除非法律有特别规定或双方有明确的特别约定排除了诉讼管辖。
法律特别规定或双方特别约定：
- 在某些特定情况下，法律可能允许通过仲裁协议排除专属管辖的适用。例如，双方可能通过特别约定，在专属管辖案件中仍然选择仲裁方式解决争议。
- 这种特别约定必须明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定和公共利益。
三、仲裁协议难以对抗专属管辖的常见情形
法律明确规定专属管辖：
- 对于法律明确规定专属管辖的案件，如不动产纠纷、港口作业纠纷等，仲裁协议通常无法排除其适用。
仲裁协议存在瑕疵：
- 如果仲裁协议存在形式或实质上的瑕疵，如未明确约定仲裁机构、违反法律法规的强制性规定等，则可能无法有效排除专属管辖的适用。
四、法律建议与风险提示
在签订仲裁协议时，应确保协议的有效性：
- 明确约定仲裁事项和仲裁机构。
- 遵守法律法规的强制性规定，避免协议因违法而无效。
对于专属管辖案件，应谨慎选择争议解决方式：
- 在签订合同时，应充分考虑争议解决方式的合理性和可行性。
- 如果希望选择仲裁方式解决争议，应确保仲裁协议不会与专属管辖规定相冲突，或者在法律允许的范围内通过特别约定排除诉讼管辖。
在发生争议时，应及时咨询专业律师：
- 律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助当事人选择合适的争议解决方式。
- 律师可以协助当事人审查仲裁协议的有效性，以及判断其是否能对抗专属管辖。
举例说明：假设双方在一份房地产买卖合同中约定了仲裁条款，但该合同涉及的纠纷属于不动产纠纷，依法应由不动产所在地人民法院专属管辖。在此情况下，如果仲裁协议没有特别的约定或者法律没有特别的规定，那么该仲裁协议可能无法直接排除法院的专属管辖。然而，如果双方在合同中明确约定了即使发生不动产纠纷也通过仲裁解决，并且该约定符合法律法规的规定，那么在该特定情况下，仲裁协议可能具有对抗专属管辖的效力。但这种情况较为特殊，需要具体案件具体分析。
综上所述，仲裁协议能否对抗专属管辖并非绝对，而是取决于多种因素的综合考量。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。