在一般情况下，有效的仲裁协议是优先于专属管辖的，但存在一些特殊情况需要具体分析。以下是对这一问题的详细分析：

一、仲裁协议优先于专属管辖的法律依据与原则

1. 《中华人民共和国仲裁法》第五条：明确规定当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这一条款直接确立了仲裁协议对诉讼管辖权的排除效力，体现了“或裁或审”的基本原则，即当事人选择仲裁方式解决纠纷后，就排除了法院的管辖权，包括专属管辖。

2. 意思自治原则：仲裁协议是双方当事人自愿达成的，将他们之间的特定争议提交仲裁解决的约定。它充分尊重了当事人的自主选择权，即当事人有权自主决定以何种方式解决他们之间的纠纷。即使纠纷可能属于法院专属管辖的范畴，基于有效的仲裁协议，也应优先适用仲裁程序。

3. 仲裁制度的特性：仲裁具有自愿性、专业性、灵活性、保密性和快捷性等特点。当事人选择仲裁，往往是对这些特性的认可和需求。为了保障仲裁制度的有效运行和维护当事人对仲裁的合理预期，法律赋予有效的仲裁协议排除法院管辖（包括专属管辖）的效力。

二、仲裁协议可能不优先于专属管辖的特殊情况

1. 专属管辖的例外：尽管仲裁协议一般优先，但有些法律可能规定了特定类型案件的专属管辖，这些案件通常涉及国家利益、社会公共利益等重要方面。例如，涉及不动产的纠纷可能由不动产所在地法院专属管辖。在这种情况下，专属管辖可能优先于仲裁协议。不过，这种情况相对较少，且需要具体分析相关法律规定。

2. 仲裁协议的无效或可撤销：如果仲裁协议被认定无效、失效或者内容不明确无法执行，那么就不能再依据仲裁协议进行仲裁。此时，如果纠纷属于法院专属管辖的范围，则应按照专属管辖的规定，由相应的法院来受理案件。例如，仲裁协议约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围，或者仲裁协议对仲裁委员会没有约定且达不成补充协议的，该仲裁协议无效。

三、实践建议

1. 签订仲裁协议前充分了解法律法规：当事人在签订仲裁协议前，应充分了解相关法律法规和仲裁规则，确保协议的合法性和有效性。特别是要关注仲裁协议是否涵盖了所有可能发生的争议类型，以及是否明确约定了仲裁机构和仲裁规则。

2. 发生纠纷时及时咨询专业律师：在发生纠纷时，当事人应及时咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和帮助。律师可以根据具体情况分析仲裁协议的效力以及专属管辖的适用性，为当事人提供合理的解决方案。

3. 注意仲裁协议与诉讼管辖的衔接：如果当事人希望在某些情况下保留诉讼管辖权，可以在仲裁协议中约定相应的条款。例如，可以约定在仲裁协议无效或无法执行时，由特定法院管辖纠纷。这样的约定可以在一定程度上保障当事人的权益。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款，约定将因合同产生的争议提交某仲裁机构仲裁。后来，双方因合同履行发生纠纷，甲方向法院起诉。如果仲裁条款有效且不存在其他特殊情况，法院应当根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定，不予受理甲方的起诉，并告知其向约定的仲裁机构申请仲裁。但是，如果该纠纷属于法院专属管辖的范围（如涉及不动产的纠纷），且相关法律明确规定了专属管辖的优先性，那么法院可能会受理甲方的起诉。

总结来说，仲裁协议在一般情况下是优先于专属管辖的，但存在一些特殊情况需要具体分析。当事人在签订仲裁协议前应充分了解相关法律法规和仲裁规则，并在发生纠纷时及时咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。