核心结论：与员工签劳务合同的是一个公司，而发工资的又是另一个公司，这种情况可能涉及多种法律关系和潜在风险，具体分析如下：
法律关系分析：
- 劳务合同关系：员工与签订劳务合同的公司之间建立了劳务合同关系。根据劳务合同的性质，该公司应负责提供工作条件、安排工作任务，并按照合同约定支付劳务报酬（尽管实际支付可能由其他公司代为执行）。
- 工资支付关系：实际支付工资的公司与员工之间并未直接签订劳务合同，但其支付工资的行为可能构成对签订劳务合同公司的债务履行，或者存在其他法律关系（如委托支付、关联交易等）。若该支付行为未经员工同意或未明确约定，可能引发法律纠纷。
潜在风险与问题：
- 税务与社保风险：若两家公司未就工资支付事宜进行明确约定，可能导致税务和社保缴纳的混乱。例如，签订劳务合同的公司可能因未实际支付工资而未履行代扣代缴义务，而实际支付工资的公司则可能因未与员工签订劳动合同而面临社保缴纳的难题。
- 劳动权益保障风险：员工在享受劳动权益（如工伤赔偿、带薪休假等）时，可能因两家公司之间的法律关系不明确而遭遇障碍。例如，若员工在工作中受伤，可能因无法确定责任主体而难以获得工伤赔偿。
- 合同违约风险：若两家公司之间的约定违反了法律法规的强制性规定（如未按时足额支付工资），则可能构成合同违约，需承担相应的法律责任。
法律建议：
- 明确法律关系：建议两家公司之间签订书面协议，明确各自在劳务合同关系中的权利和义务，特别是工资支付、社保缴纳等关键事项。
- 保障员工权益：无论哪家公司实际支付工资，都应确保员工的劳动权益得到充分保障。例如，签订劳务合同的公司应负责为员工缴纳社保、提供劳动保护等；实际支付工资的公司则应确保工资按时足额支付。
- 咨询专业律师：鉴于这种情况可能涉及复杂的法律关系和潜在风险，建议两家公司及员工均咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
进一步思考：在实际操作中，这种情况可能因行业特点、公司规模、业务模式等因素而有所不同。因此，在处理类似问题时，应充分考虑各种因素，结合具体情况进行法律分析和风险评估。若您或您的公司遇到类似问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议。