结论：母公司与子公司截工日期不同导致员工缺勤，是否可以扣工资，不能一概而论，需根据具体情况判断，包括劳动合同的约定、公司规章制度的规定以及缺勤的合理性等因素。
分析：
劳动合同的约定：
- 首先，要查看员工与母公司或子公司签订的劳动合同中是否有关于缺勤、工资扣除的具体条款。如果合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照合同约定扣除工资。
公司规章制度的规定：
- 其次，公司规章制度也是判断是否可以扣工资的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了因截工日期不同导致的缺勤可以扣除工资，且该规章制度已经向员工公示或告知，那么公司也有权按照规章制度执行。但需要注意的是，公司规章制度不能违反法律法规的强制性规定，否则无效。
缺勤的合理性：
- 即使劳动合同或公司规章制度中有关于缺勤扣除工资的规定，也需要考虑缺勤的合理性。如果员工缺勤是因为不可抗力因素（如自然灾害、突发疾病等）或公司原因（如公司安排的工作任务与截工日期冲突等）导致的，那么公司可能无权扣除工资。
法律法规的强制性规定：
- 在任何情况下，公司扣除工资的行为都不能违反法律法规的强制性规定。例如，根据《劳动法》等相关法律法规，公司不得无故拖欠或克扣员工工资。如果公司扣除工资的行为违反了法律法规的强制性规定，那么员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
建议：
- 对于员工而言，如果因母公司与子公司截工日期不同导致缺勤并被扣除工资，首先应查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定。如果认为公司扣除工资的行为不合理或违法，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 对于公司而言，在制定劳动合同和公司规章制度时，应明确规定缺勤和工资扣除的相关条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。同时，在处理员工缺勤问题时，应充分考虑缺勤的合理性，避免无故扣除员工工资。
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