结论：单位工龄费在单位的时间和在部队当兵时间工龄费不一样，不一定违法，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 工龄费的性质与计算依据

工龄费通常指用人单位根据员工的工作年限给予的补贴或福利，其计算依据和标准由单位自行制定（需符合法律法规）。若单位明确规定工龄费仅按在本单位的工作年限计算，且该规定不违反法律强制性规定（如最低工资、平等就业等），则单位对不同工作年限（包括部队服役时间）采用不同标准可能合法。

法律依据：
根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位有权制定内部规章制度，但需满足以下条件：

• 内容合法（不违反法律、行政法规）；
  
• 经过民主程序（如职工代表大会讨论）；
  
• 向劳动者公示或告知。
  

若单位工龄费计算规则符合上述条件，且未歧视特定群体（如退役军人），则差异计算可能不违法。

2. 部队服役时间的特殊规定

根据《退役士兵安置条例》等法规，退役军人的服役年限通常应计入“连续工龄”，并作为计算社会保险缴费年限、经济补偿等的依据。但工龄费是否必须包含部队服役时间，法律未明确强制要求，需看单位具体规定。

• 若单位规定工龄费包含部队服役时间：则需按此执行，否则可能构成违约或未足额支付福利。
  
• 若单位规定仅按本单位工作年限计算：且该规定合法有效，则差异计算不违法。
  

建议：退役军人可要求单位出示工龄费计算规则，确认是否包含部队服役时间。若单位拒绝或规则违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 可能的违法情形

若单位工龄费计算规则存在以下情形，则可能违法：

1. 歧视性规定：如仅对退役军人降低工龄费标准，而对其他员工按更高标准计算，可能违反《劳动法》关于平等就业的规定。
   
2. 未公示或未告知：若单位未将工龄费计算规则向劳动者公示或告知，劳动者可主张规则无效，要求按实际工龄计算。
   
3. 低于最低标准：若工龄费属于工资组成部分，且单位计算后导致劳动者工资低于当地最低工资标准，则违法。

4. 实务建议

1. 核查单位规章制度：要求单位提供工龄费计算依据，确认是否包含部队服役时间及计算方式。
   
2. 协商或投诉：若认为单位计算不公，可先与单位协商；协商不成，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   
3. 保留证据：保存劳动合同、工资条、单位规章制度等材料，作为维权依据。

总结：单位工龄费计算差异是否违法，需结合单位规章制度、计算依据及是否违反法律强制性规定综合判断。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供进一步法律分析。