结论：甲方扣乙方的钱是否合法，取决于双方之间的合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果甲乙双方在合同中明确约定了，在乙方员工受伤休假的情况下，甲方有权扣除乙方一定金额作为补偿或违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么甲方的扣款行为可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方有权在合同中约定各自的权利和义务，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
合同中没有明确约定：
- 如果合同中没有明确约定甲方在乙方员工受伤休假时有权扣款，那么甲方的扣款行为可能缺乏合同依据，构成违约或不当得利。
- 建议：乙方可以要求甲方提供扣款的合法依据，如果无法提供，乙方有权要求甲方返还被扣的款项，并可能追究甲方的违约责任。
二、法律法规角度
工伤保险法规：
- 根据《工伤保险条例》等相关法律法规，员工因工作受伤应享受工伤保险待遇，包括医疗费、停工留薪期工资等。这些费用通常由工伤保险基金或用人单位承担，而不应转嫁给第三方（如本例中的甲方）。
- 分析：如果甲方扣款的行为实际上是在转嫁乙方应承担的工伤保险费用，那么这种行为可能是违法的。
劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，用人单位（乙方）应保障员工的合法权益，包括支付工资、提供劳动保护等。如果乙方因员工受伤休假而面临经济困难，应通过合法途径解决，如申请工伤保险待遇、与员工协商等，而不应通过扣款的方式转嫁风险。
- 建议：乙方可以检查自身是否已依法为员工缴纳工伤保险，并了解员工受伤后的工伤保险待遇申请流程，以合法合规的方式处理员工受伤事宜。
三、实际操作建议
审查合同：
- 乙方应仔细审查与甲方签订的合同，特别是关于员工受伤休假、费用承担等方面的条款，以明确双方的权利和义务。
沟通协商：
- 如果甲方扣款的行为缺乏合同依据或违反法律法规，乙方可以与甲方进行沟通协商，要求甲方返还被扣的款项，并达成合理的解决方案。
法律途径：
- 如果沟通协商无果，乙方可以寻求法律途径解决争议，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
总结：甲方扣乙方的钱是否合法，需根据合同约定和法律法规进行综合判断。乙方应仔细审查合同、与甲方沟通协商，并在必要时寻求法律途径解决争议。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。