结论：员工请假被公司扣款是否合理，需根据请假类型、公司规章制度及劳动合同约定综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、请假类型与扣款合法性

1. 法定带薪假
   根据《劳动法》及《职工带薪年休假条例》，员工享有法定节假日、年休假、婚丧假、产假等带薪假期。若公司因员工休此类假期而扣款，属于违法行为，员工有权要求公司补发工资并可能主张赔偿。

2. 事假
   事假通常为无薪假，公司有权根据规章制度扣除当日工资。但需注意：

   • 扣除标准需合理（如按日工资100%扣除，而非更高比例）；
     
   • 规章制度需经民主程序制定并公示，否则可能因程序违法被认定无效。

3. 病假
   病假工资支付标准因地区而异，但普遍要求不低于当地最低工资的80%。若公司扣除比例高于法定标准（如全额扣除），则属于违法。例如，北京规定病假工资不得低于最低工资标准的80%，上海则按工龄分段计算。

二、公司规章制度与劳动合同的约束

1. 规章制度合法性
   公司扣款需以合法有效的规章制度为依据。若规章制度未经过民主程序（如职工代表大会讨论）、未公示或内容违法（如规定“请假即扣双倍工资”），则员工可主张扣款无效。

2. 劳动合同约定
   若劳动合同中明确约定了请假扣款规则（如“事假扣除日工资100%”），且该约定不违反法律强制性规定，则公司扣款可能被认定为合法。但需注意：

   • 约定不得低于法定最低标准（如病假工资）；
     
   • 约定需经双方协商一致，不得单方面强制。

三、员工维权路径

1. 协商解决
   员工可首先与公司沟通，要求提供扣款依据（如规章制度条款、劳动合同约定），并核对扣款计算是否正确。若公司无法提供合法依据，可要求补发工资。

2. 投诉与仲裁

   • 投诉：向当地劳动监察大队投诉，要求公司改正违法行为并补发工资；
     
   • 仲裁：若投诉无果，可申请劳动仲裁，主张公司支付被扣工资及可能的赔偿金（如加付50%-100%赔偿金）。

3. 证据保留
   员工需保留请假记录（如请假条、审批流程截图）、工资条、劳动合同等证据，以证明公司扣款事实及自身主张。

四、特殊情形提示

• 未签劳动合同：若公司未与员工签订劳动合同，员工仍可依据实际劳动关系主张权利，且可能额外主张未签合同的双倍工资差额。
  
• 口头请假：若员工能证明已履行请假手续（如同事证言、工作交接记录），公司不得以“未审批”为由拒绝支付工资。
  
• 恶意扣款：若公司以扣款为名变相克扣工资（如虚构请假事由），员工可主张公司支付全部被扣工资及经济补偿。

建议：若您遇到类似情况，可先核对请假类型、公司规章制度及劳动合同约定，再与公司协商或通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及证据准备要点。