父子双方同意签订的“不来往协议”在法律上一般无效，因为此类协议可能违反公序良俗原则，且人身关系不能通过合同来强制约束。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律原则角度
公序良俗原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。父子关系属于天然的血缘关系，是社会基本伦理和道德的重要组成部分。双方签订“不来往协议”，试图通过合同形式来切断或限制这种天然的血缘联系和伦理义务，很可能被视为违背公序良俗，因此该协议在法律上可能被认定为无效。
人身关系不可强制约束：法律对于人身关系的调整，通常遵循自愿、平等、尊重和保护个人尊严的原则。父子之间的人身关系，如赡养、抚养、探望等，是法律规定的义务和权利，不能通过合同来强制约束或剥夺。因此，即使双方同意签订“不来往协议”，该协议也无法产生法律上的强制力。
二、协议内容角度
协议内容的合法性：如果“不来往协议”中涉及对父子双方人身权利的剥夺或限制，如禁止探望、赡养等，那么这些内容显然是违法的，因为它们违反了法律规定的义务和权利。即使协议中不直接涉及这些内容，但如果其整体效果是试图切断或限制父子之间的人身联系，也可能被视为违法。
协议的可执行性：由于“不来往协议”涉及人身关系，其执行难度较大。法律无法强制要求两个人之间不进行任何形式的联系或交往。因此，即使协议在形式上合法，也可能因为无法执行而被视为无效或无法产生实际效果。
三、实际建议
沟通协商：如果父子之间存在矛盾或分歧，建议通过沟通协商的方式来解决。双方可以坦诚地表达自己的想法和感受，寻求共同的解决方案。如果无法自行解决，可以寻求家庭成员、亲友或专业人士的帮助。
法律途径：如果父子之间的矛盾或分歧涉及到法律问题，如赡养、抚养等义务的履行，可以通过法律途径来解决。但需要注意的是，法律途径通常是在沟通协商无果后的一种选择，而且需要遵循法律程序和规定。
尊重与理解：无论采取何种方式解决父子之间的矛盾或分歧，都需要尊重彼此的感受和权利。父子关系是一种特殊的人际关系，需要双方共同努力来维护和改善。
总结来说，父子双方同意签订的“不来往协议”在法律上一般无效。如果父子之间存在矛盾或分歧，建议通过沟通协商、法律途径或尊重与理解的方式来解决。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。