结论：公司合同中写有基础工资和岗位工资，但在辞职时仅按基础工资赔偿，这一做法是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，若合同中有明确约定且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时公司能证明岗位工资的发放条件或性质（如与特定项目、业绩挂钩等），则可能合法；但若合同无明确约定或约定违法，则公司按基础工资赔偿的做法可能不合法。
详细分析：
合同约定优先：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，合同中关于工资的约定是双方权利义务的重要依据。
- 如果劳动合同中明确约定了基础工资和岗位工资，并且也明确规定了在不同情况下（如辞职时）的工资支付方式，那么双方应按照合同约定执行。
岗位工资的性质与发放条件：
- 岗位工资通常与劳动者的岗位、职责、技能水平等因素相关，是劳动者因担任特定岗位而获得的额外报酬。
- 如果岗位工资的发放与特定项目、业绩、出勤天数等挂钩，且公司能提供相关证据证明在劳动者辞职时，这些条件未满足或已发生变化，那么公司可能有权不支付或减少岗位工资。
- 然而，如果岗位工资是劳动者固定工资的一部分，且与劳动者的基本工作无关（即无论劳动者是否完成特定任务或业绩，都应获得该部分工资），则公司无权在辞职时仅按基础工资赔偿。
法律法规的强制性规定：
- 劳动合同中的约定不得违反法律法规的强制性规定。例如，如果合同中约定的工资低于当地最低工资标准，则该约定无效。
- 如果公司试图通过合同条款规避其应承担的法定义务（如支付加班费、社会保险费等），则这些条款也可能被认定为无效。
实际操作建议：
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资的约定。如有疑问或不明确之处，应及时向公司提出并要求解释或修改。
- 在辞职时，劳动者应与公司协商确定工资支付方式和金额，并保留好相关证据（如工资条、银行转账记录等）。
- 如果公司拒绝按合同约定支付工资，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能遇到的特殊情况：
- 如果劳动合同中未明确约定岗位工资的发放条件或性质，且公司无法提供相关证据证明其有权在辞职时减少或不予支付岗位工资，则劳动者有权要求公司按合同约定的全额工资进行赔偿。
- 如果公司存在恶意拖欠工资、克扣工资等违法行为，劳动者不仅可以要求公司支付应得的工资，还可以要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
总结与建议：
公司合同中写有基础工资和岗位工资，但在辞职时仅按基础工资赔偿的做法是否合法，需根据合同约定、岗位工资的性质与发放条件以及法律法规的强制性规定等因素综合判断。如有疑问或争议，建议劳动者及时咨询专业律师或向当地劳动监察部门投诉申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。