关于您提出的“过年迟到三天自动离职是否合法”的问题，这实际上涉及到了对“自动离职”概念的正确理解以及用人单位解除劳动合同的合法性判断。
首先，需要明确的是，在现行的《劳动合同法》框架下，已经不存在“自动离职”这一法律概念。过去，“自动离职”可能被理解为员工单方违法解除劳动合同的行为，但这一解释已经随着相关法规的失效而不再适用。因此，当员工出现类似“不辞而别”或“迟到多日未归”等情形时，用人单位不能直接认定双方劳动关系已经解除。
接下来，我们分析用人单位解除劳动合同的合法性。根据《劳动合同法》的规定，用人单位在解除劳动合同时，必须基于合法、合理的理由，并且需要承担举证责任。具体来说，如果用人单位以员工严重违反规章制度为由解除劳动合同，那么必须提供充分的证据来证明员工确实存在严重违纪行为，并且该行为已经达到了规章制度中规定的解除劳动合同的条件。
针对您的情况，如果公司仅仅因为员工过年迟到三天就认定其“自动离职”并解除劳动合同，这是不合法的。因为：
迟到三天并不直接等同于严重违纪：除非公司的规章制度中明确规定了迟到多少天构成严重违纪，并且该规定已经向员工公示并得到了员工的认可，否则公司不能仅凭迟到三天就解除劳动合同。
公司需要承担举证责任：如果公司以旷工为由解除劳动合同，那么必须提供如考勤记录、打卡记录等证据来证明员工确实存在旷工行为。如果公司无法提供这些证据，那么司法机关将难以认定旷工事实，公司的解除行为也将被视为违法。
公司应遵循合法程序：即使员工确实存在严重违纪行为，公司在解除劳动合同时也必须遵循合法的程序，如提前通知员工、听取员工的申辩意见等。如果公司未遵循这些程序，那么其解除行为也可能被视为违法。
因此，我建议您在面对类似情况时，首先与公司进行沟通协商，了解公司的具体规定和解除劳动合同的理由。如果公司无法提供充分的证据或未遵循合法程序，那么您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。同时，也建议您在今后的工作中严格遵守公司的规章制度，避免出现类似情况。