公司规定请假超过三个月自动离职，这一规定通常是不合法的。以下从几个角度进行详细分析：
劳动合同的约定与法律效力：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更、解除或终止应当遵循法定程序和条件。公司单方面规定请假超过三个月即自动离职，这实际上是对劳动合同解除条件的一种自行设定，但这种设定必须符合法律法规的规定，否则不具有法律效力。
- 劳动合同是双方自愿、平等协商的结果，任何一方不得单方面改变合同内容或解除合同，除非符合法律规定的解除条件或双方协商一致。
请假制度与员工权益：
- 请假是员工因个人原因（如疾病、家庭事务等）需要暂时离开工作岗位的一种权利。公司应当建立合理的请假制度，明确请假的条件、程序和期限，但不得侵犯员工的合法权益。
- 如果公司规定请假超过三个月即自动离职，这可能构成对员工请假权的过度限制，甚至可能违反劳动法律法规中关于员工权益保护的规定。
自动离职的合法性与后果：
- 自动离职通常指的是员工未经公司同意，擅自离开工作岗位并不再返回的行为。在这种情况下，公司可以根据劳动合同的约定或公司规章制度的规定，对员工进行处理，如扣除工资、解除劳动合同等。
- 然而，如果公司规定请假超过三个月即视为自动离职，并据此解除劳动合同，这一规定可能因缺乏法律依据而无效。员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付相应的经济补偿。
实际操作中的建议：
- 对于员工而言，如果公司有此类规定，应当及时了解并评估其合法性。如果认为规定不合法或侵犯了自己的权益，可以向公司提出异议或寻求法律援助。
- 对于公司而言，应当建立合法、合理的请假制度，明确请假的条件和程序，并确保制度内容符合劳动法律法规的规定。同时，公司应当加强与员工的沟通，确保员工了解并遵守公司的规章制度。
总结与建议：公司规定请假超过三个月自动离职通常是不合法的。员工在遇到此类情况时，应当及时了解自己的权益并寻求法律援助；公司则应当建立合法、合理的请假制度，并加强与员工的沟通。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。