入职三个月请三个月假是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法请假的情况
符合法定休假情形：
- 如果员工因符合法律规定的情形（如患病、工伤、生育、参加社会活动等）需要请假，且能够提供相应的证明材料（如医院诊断证明、工伤认定书等），那么请假是合法的。
- 法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，员工在医疗期内享有病假工资和医疗期待遇。同时，对于工伤、生育等情形，也有相应的法律法规保障员工的休假权益。
公司规章制度允许：
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工可以请长假，并且请假流程、条件等符合公司规定，那么员工请假也是合法的。
- 建议：在请假前，员工应仔细阅读公司的规章制度，了解请假的相关规定，并按照规定的流程进行请假申请。
二、可能不合法或存在风险的情况
无正当理由长时间请假：
- 如果员工没有合理的理由（如非法定休假情形或公司规章制度未允许的情况）而长时间请假，这可能构成旷工或违反公司规章制度。
- 法律后果：公司有权根据规章制度对员工进行处罚，包括但不限于警告、扣薪、解除劳动合同等。
未履行请假手续：
- 即使员工有合理的请假理由，但如果未按照公司规定的流程履行请假手续（如未提交请假申请、未获得批准等），也可能被视为旷工或违反公司规章制度。
- 建议：员工在请假前，应确保已经了解并遵守了公司的请假流程，及时提交请假申请并获得批准。
三、特殊情况下的考虑
- 试用期员工：对于试用期员工，如果长时间请假可能影响公司对其工作能力和态度的评估，从而增加不被录用的风险。因此，试用期员工在请假时应更加谨慎。
- 公司经营状况：如果公司正处于经营困难或业务繁忙时期，长时间请假可能对公司造成较大影响。在这种情况下，员工应与公司进行充分沟通，寻求合理的解决方案。
总结与建议：
- 入职三个月请三个月假是否合法，取决于请假理由、公司规章制度以及请假手续是否完备等因素。
- 在请假前，员工应仔细了解相关法律法规和公司规章制度，确保自己的请假行为合法合规。
- 如果员工有合理的请假需求，但遇到公司拒绝或处理不当的情况，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。