政府采购中的合同履约保函不属于变相收取保证金，但需满足一定条件。以下从多个角度进行分析：

一、法律定义与性质

1. 履约保函的定义：履约保函是银行、保险公司、担保公司或专业担保机构应申请人的请求，向第三方（即受益人，通常为采购人）开立的书面信用担保凭证。它保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。
2. 保证金的定义：保证金是合同一方或双方为保证合同的履行，而留存于对方或提存于第三人的金钱。它通常具有担保合同履行的作用，并在合同履行完毕后予以退还。
3. 性质差异：履约保函是一种信用担保方式，它并不直接涉及资金的留存或转移，而是通过担保人的信用来保障合同的履行。而保证金则是一种直接的金钱担保方式，涉及资金的留存。

二、政府采购中的相关规定

1. 禁止收取保证金的规定：根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第三十三条：“招标文件要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过采购项目预算金额的2%。投标保证金应当以支票、汇票、本票或者金融机构、担保机构出具的保函等非现金形式提交。投标人未按照招标文件要求提交投标保证金的，投标无效。采购人或者采购代理机构应当自中标通知书发出之日起5个工作日内退还未中标供应商的投标保证金，自政府采购合同签订之日起5个工作日内退还中标供应商的投标保证金。采购人或者采购代理机构不得收受投标人以外的其他任何保证金”。以及《政府采购货物和服务招标投标管理办法》（财政部令第87号）第七十八条：“采购人、采购代理机构不得收取投标保证金以外的其他任何形式的保证金”。这些规定明确禁止了除投标保证金以外的其他形式的保证金。
2. 履约保函的合法性：虽然上述规定禁止了除投标保证金以外的其他形式的保证金，但并未禁止履约保函的使用。履约保函作为一种信用担保方式，并不直接涉及资金的留存或转移，因此不属于被禁止的保证金范畴。

三、履约保函与变相收取保证金的区分

1. 形式与实质：变相收取保证金通常指的是以其他名义收取与保证金性质相同的费用或资金留存。而履约保函则是一种独立的信用担保方式，其形式与实质均与保证金不同。
2. 目的与效果：履约保函的目的是为了保障合同的履行，通过担保人的信用来增强合同的履行能力。而变相收取保证金则可能涉及规避法律限制、增加供应商负担等不当目的。

四、实践中的注意事项

1. 合规性审查：在政府采购活动中，采购人或采购代理机构应确保所要求的履约保函符合相关法律法规的规定，避免将其作为变相收取保证金的手段。
2. 供应商权益保护：供应商在参与政府采购活动时，也应了解并维护自己的合法权益，对于不合理的履约保函要求或变相收取保证金的行为，应及时提出异议并寻求法律救济。

总结来看，政府采购中的合同履约保函不属于变相收取保证金，但需确保其符合相关法律法规的规定，并避免将其作为变相收取保证金的手段。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。