结论：在政府采购招标中，若招标文件明确规定履约保证金需以转账形式提交，原则上应按照招标文件要求执行；但若招标文件未明确禁止保函形式，或存在法律法规允许的例外情形，则可能通过保函提交履约保证金。以下从法律框架、招标文件效力、实务操作三个角度展开分析：

1. 法律框架：保函的合法性基础

根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第四十八条及《政府采购货物和服务招标投标管理办法》（财政部令第87号）第七十四条，履约保证金的提交形式由采购人（招标人）在招标文件中明确约定，但法律未强制要求必须采用转账形式。若招标文件未排除保函形式，且保函符合以下条件，则具有合法性：

• 保函性质：应为不可撤销、见索即付的银行保函或担保机构保函；
• 金额要求：与招标文件规定的履约保证金金额一致；
• 有效期：覆盖整个履约期，且明确约定失效条件（如项目验收合格后自动失效）。

例外情形：若招标文件明确约定“仅接受转账形式”，则保函可能因不符合招标文件要求被拒绝。

2. 招标文件效力：约定优先原则

政府采购招标中，招标文件是采购人与中标人之间合同的重要组成部分，具有法律约束力。根据《民法典》第四百六十五条，当事人应当按照约定履行义务。因此：

• 若招标文件明确要求转账：采购人有权拒绝保函形式，中标人需按要求转账，否则可能构成违约，采购人可依据招标文件及合同约定扣除保证金或采取其他救济措施；
• 若招标文件未明确禁止保函：中标人可与采购人协商，提供符合要求的保函。若采购人同意，则保函有效；若采购人坚持转账形式，中标人需遵守约定。

3. 实务操作建议

• 中标人角度：
  1. 仔细阅读招标文件：重点关注“履约保证金”条款，明确是否允许保函形式；
  2. 提前沟通：若希望使用保函，可在投标阶段或中标后与采购人协商，争取书面同意；
  3. 保留证据：若采购人无合理理由拒绝保函，可要求其出具书面说明，作为后续维权依据。
• 采购人角度：
  1. 明确条款：在招标文件中清晰约定履约保证金的形式（如“仅接受转账”或“接受转账/保函”），避免歧义；
  2. 合理审查：若允许保函，需严格审查保函的合法性、有效性及金额，防止风险。

总结：政府采购招标中，履约保证金是否可以保函形式提交，需以招标文件约定为准。若招标文件未明确禁止，且保函符合法律要求，可通过协商提交；若招标文件明确要求转账，则需遵守约定。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。