关于员工因公司未缴纳社会保险而离职并起诉是否有效的问题，这是一个涉及劳动者权益保护的重要法律问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、明确结论： 员工以公司未缴纳社会保险为由离职，并依法提起诉讼或采取其他合法途径维护自身权益，是合法且有效的。

二、法律依据与基础权利：

1. 法定义务：根据《中华人民共和国社会保险法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位负有为员工按时、足额缴纳社会保险的法定义务。

2. 解除劳动合同的权利：若用人单位未能履行此义务，依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，劳动者有权解除劳动合同。

3. 经济补偿的权利：再根据第四十六条规定，劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。

三、员工可行使的权利及具体操作：

1. 解除劳动合同与要求经济补偿：

   • 员工可以未缴纳社保为由，书面通知用人单位解除劳动合同。
   • 经济补偿标准按照工作年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的按一年计算；不满六个月的支付半个月工资的经济补偿。

2. 要求补缴社会保险：

   • 员工有权要求用人单位补缴在职期间的社会保险费用。
   • 补缴社保的诉求通常需通过向社保行政部门投诉来处理，由社保行政部门责令用人单位补缴。若社保行政部门不作为或处理不当，员工还可以针对社保行政部门的行政行为提起行政诉讼。

四、起诉流程与注意事项：

1. 协商与投诉：

   • 在起诉前，员工应尝试与用人单位协商，要求补缴社保并支付经济补偿。
   • 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期改正。

2. 仲裁与诉讼：

   • 若投诉无果或用人单位拒不执行劳动监察部门的决定，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 对仲裁裁决不服的，员工可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

3. 证据收集与时效：

   • 员工需收集证明劳动关系及未缴纳社保的证据，如劳动合同、工资条、工作证、社保缴纳记录查询单等。
   • 劳动争议申请仲裁的时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。员工应及时行使权利，避免超过时效。

五、总结与建议：

员工以公司未缴纳社会保险为由离职并起诉，是维护自身合法权益的有效途径。在依法行使权利的同时，员工应遵循法定程序和时效要求，并准备好充分的证据以支持其主张。建议员工在处理此类争议时，先尝试与用人单位协商解决；若协商无果，再及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；必要时，还可以通过诉讼途径来寻求法律救济。