结论：公司社保扣款按社平工资足额扣，但缴纳按60%比例缴纳，这种做法是否合法需要分情况讨论。

1. 从缴费基数与比例的合规性角度分析
   根据《社会保险法》及相关规定，社保缴费基数通常以职工上年度月平均工资为准，但不得低于当地社平工资的60%，也不得高于300%。若公司以社平工资作为缴费基数（即“足额扣”），但实际缴纳时按60%比例计算，需明确以下两点：

   • 若社平工资本身已作为缴费基数：此时按60%比例缴纳意味着实际缴费基数为社平工资的60%，这符合“缴费基数不低于社平工资60%”的最低标准，但需确认公司是否在扣款时已明确告知员工缴费基数的计算方式（例如：扣款时按社平工资全额扣除，但缴纳时按最低比例折算）。若未告知，可能涉嫌侵犯员工知情权。
     
   • 若社平工资高于员工实际工资：根据规定，缴费基数应基于员工实际工资，但不得低于社平工资60%。若公司强行以社平工资作为缴费基数（即使员工实际工资低于社平工资），则可能违反“缴费基数应与实际工资挂钩”的原则，属于违法行为。

2. 从程序合法性角度分析
   即使按60%比例缴纳符合最低标准，公司仍需履行以下程序义务：

   • 告知义务：公司需在扣款前向员工明确说明缴费基数、比例及计算方式，并留存书面或电子记录。若未履行告知义务，即使缴纳比例合法，也可能因程序瑕疵引发纠纷。
     
   • 申报义务：公司需按实际缴费基数向社保部门申报，若申报的缴费基数与扣款基数不一致（例如：扣款按社平工资，申报按60%社平工资），可能涉嫌虚假申报，面临行政处罚。

3. 从员工权益保护角度分析
   若公司按社平工资足额扣款但按60%比例缴纳，可能导致员工以下权益受损：

   • 社保待遇降低：缴费基数直接影响养老金、医保报销等未来待遇，按最低比例缴纳可能减少员工长期收益。
     
   • 个税与公积金扣款矛盾：若公司按社平工资扣款但未同步调整公积金、个税的缴费基数，可能引发内部计算混乱，甚至涉嫌偷逃税费。

建议：

• 若您发现公司存在此类操作，可要求公司出具书面说明，明确缴费基数与比例的计算依据；
  
• 若公司拒绝说明或存在违规行为，可向当地社保部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身权益；
  
• 如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的具体政策为您详细分析。