结论：在对方使用您的配方且不承认的情况下，能否用加盟商配方专利起诉对方，取决于多个因素，包括您是否拥有该配方的专利权、对方的使用行为是否构成侵权等。以下从不同角度为您详细分析：
专利权归属与有效性：
- 首先，您需要确认自己是否拥有该配方的专利权。专利权是保护发明创造的一种法律手段，只有专利权人或经其许可的人才有权实施该专利。
- 如果您已经获得了该配方的专利权，并且该专利权在有效期内（通常为自申请日起20年），那么您就有权对未经许可使用该配方的行为提起诉讼。
- 如果您尚未获得专利权，或者专利权已经过期或无效，那么您可能无法直接依据专利权来起诉对方。但您仍可以考虑其他法律途径，如商业秘密保护、不正当竞争等。
对方使用行为是否构成侵权：
- 即使您拥有有效的专利权，也需要证明对方的使用行为确实构成了侵权。这通常包括证明对方未经许可使用了您的专利配方，并且该使用行为与您的专利技术特征相同或等同。
- 在实践中，这可能需要您提供充分的证据，如配方对比、使用记录、证人证言等。如果对方能够证明其使用的是独立研发的配方，或者与您的专利配方存在显著差异，那么可能不构成侵权。
加盟商配方专利与您的关系：
- 您提到“加盟商配方专利”，这可能意味着该配方专利原本属于加盟商或您与加盟商共同拥有。在这种情况下，您需要明确自己在该专利中的权益份额和行使方式。
- 如果您只是作为加盟商使用该配方，而并未获得专利权的转让或许可，那么您可能无权单独以专利权人的身份起诉对方。但您仍可以与加盟商协商，共同采取法律行动。
可能的法律后果与建议：
- 如果您能够证明对方侵犯了您的专利权，那么您有权要求对方停止侵权行为、赔偿损失等。具体赔偿数额可能根据您的实际损失、对方的侵权所得或专利许可使用费等因素来确定。
- 在采取法律行动之前，我建议您先收集充分的证据，并咨询专业律师的意见。律师可以帮助您评估案件的胜诉可能性、制定诉讼策略，并代表您进行诉讼活动。
- 同时，您也可以考虑与对方进行协商和解，以节省时间和成本。如果协商无果，再考虑采取法律手段维护自己的权益。
进一步思考：在处理此类纠纷时，除了考虑专利权保护外，还可以考虑其他法律途径，如商业秘密保护、不正当竞争等。这些法律途径可能根据具体情况提供不同的保护方式和救济措施。因此，在制定诉讼策略时，需要综合考虑各种因素，选择最适合自己的法律途径。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。