结论：能否起诉取决于多个因素，包括对方使用的配方是否侵犯了您的商业秘密或其他知识产权，以及对方申请专利的具体情况。若对方使用的配方原本属于您的特色配方且构成商业秘密，同时对方未经许可使用并申请专利，则您可能有权起诉；若配方不构成商业秘密或对方已合法取得使用权，则起诉难度较大。以下是对此问题的详细分析：
一、配方是否构成商业秘密
定义与构成要件：
- 商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
- 配方的构成商业秘密需满足：秘密性（不为公众所知悉）、价值性（能为权利人带来经济利益）、实用性（具有实际应用价值）以及保密性（权利人已采取保密措施）。
法律分析：
- 若您的特色配方满足上述构成要件，则构成商业秘密，受法律保护。
- 对方未经您许可，擅自使用您的特色配方，可能构成侵犯商业秘密的行为。
二、对方申请专利的情况
专利申请的合法性：
- 对方若通过合法途径（如自主研发、受让等）取得配方使用权，并依法申请专利，则其申请行为本身不违法。
- 但若对方通过不正当手段（如窃取、利诱等）获取您的特色配方，并以此申请专利，则可能构成侵权。
专利权与商业秘密权的冲突：
- 专利权与商业秘密权是两种不同的知识产权，可能存在冲突。
- 若对方申请的专利是基于您的商业秘密，且您未放弃对该商业秘密的权利，则您可能有权主张对方侵权。
三、起诉的可能性与条件
起诉的可能性：
- 若对方使用的配方原本属于您的特色配方，且构成商业秘密，同时对方未经许可使用并申请专利，则您可能有权起诉对方侵犯商业秘密权。
- 但若配方不构成商业秘密，或对方已通过合法途径取得使用权，则您起诉的难度较大。
起诉的条件：
- 您需要证明对方使用的配方是您的特色配方，且构成商业秘密。
- 您需要证明对方未经许可使用了您的配方，并以此申请了专利。
- 您需要提供充分的证据支持您的主张，如配方资料、保密措施证明、对方使用配方的证据等。
四、法律建议与后果
法律建议：
- 在决定起诉前，建议您先收集相关证据，评估起诉的可行性和胜诉率。
- 您可以考虑与对方进行协商，寻求和解或达成许可使用协议，以避免诉讼成本和风险。
- 若决定起诉，建议您寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。
可能的法律后果：
- 若您胜诉，对方可能需要承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。
- 若对方行为构成犯罪（如侵犯商业秘密罪），还可能面临刑事责任。
- 但若您败诉，可能需要承担诉讼费用等不利后果。
总结与建议：能否起诉对方取决于多个因素，包括配方是否构成商业秘密、对方申请专利的合法性以及您能否提供充分证据等。在决定起诉前，建议您先评估起诉的可行性和胜诉率，并考虑与对方进行协商或寻求专业律师的帮助。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。