结论：个人债务与员工违纪扣发年终奖是两个独立的法律关系，一般情况下，公司不能因为员工存在个人债务就扣发其年终奖，除非公司规章制度或劳动合同中有明确且合法的规定，且该规定与员工的违纪行为直接相关。
分析：
个人债务与年终奖的关系：
- 个人债务是员工与债权人之间的民事法律关系，与员工在公司的工作表现、薪酬等无直接关联。
- 年终奖是公司根据员工的工作表现、公司业绩等因素，在年底给予员工的奖励性薪酬，属于员工劳动报酬的一部分。
公司扣发年终奖的合法性：
- 公司规章制度或劳动合同：如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了员工在存在某些违纪行为时，公司可以扣发年终奖，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣发年终奖的行为可能是合法的。但需要注意的是，这种规定必须与员工的违纪行为直接相关，且不能过于宽泛或模糊。
- 违纪行为的性质：如果员工的违纪行为严重违反了公司规章制度或劳动合同，且该违纪行为与年终奖的发放有直接关联（如因违纪行为导致公司重大损失，而年终奖的发放与公司业绩挂钩），那么公司扣发年终奖的行为可能具有一定的合理性。但即便如此，公司也需要确保扣发年终奖的行为符合法律法规的规定，且扣发的金额应当合理。
- 法律法规的强制性规定：根据《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，公司不得随意克扣员工的劳动报酬。如果公司扣发年终奖的行为违反了这些法律法规的强制性规定，那么该行为就是违法的。
可能的法律后果：
- 如果公司扣发年终奖的行为违法，员工有权向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，要求公司支付被扣发的年终奖。
- 如果公司扣发年终奖的行为给员工造成了其他损失（如精神损害、名誉损害等），员工还可以依法要求公司承担相应的赔偿责任。
建议：
- 对于员工：如果公司扣发了你的年终奖，且你认为该行为违法或不合理，你可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣发年终奖的原因和依据。如果协商无果，你可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司：公司在制定规章制度或劳动合同时，应当明确年终奖的发放条件和扣发情形，并确保这些规定符合法律法规的强制性规定。同时，公司在扣发员工年终奖时，应当确保扣发行为有合法依据且扣发金额合理，避免引发不必要的法律纠纷。
举例：
假设某公司规章制度中规定：“员工若存在严重违纪行为（如贪污、受贿、泄露公司机密等），公司有权扣发其当年年终奖。”若某员工因贪污行为被公司查处，且该行为确实给公司造成了重大损失，那么公司根据规章制度扣发该员工的年终奖可能是合法的。但若公司仅因员工存在个人债务就扣发其年终奖，且规章制度或劳动合同中无相关规定，那么该行为就是违法的。