结论：员工在公司工作12年一直签第三方合同（即劳务派遣合同）的合法性，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、劳务派遣合同的合法性基础
法律规定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳务派遣作为一种特殊的用工形式，是合法的。但劳务派遣用工是补充形式，只能在临时性、辅助性或者替代性的工作岗位上实施。
- 临时性工作岗位是指存续时间不超过六个月的岗位；辅助性工作岗位是指为主营业务岗位提供服务的非主营业务岗位；替代性工作岗位是指用工单位的劳动者因脱产学习、休假等原因无法工作的一定期间内，可以由其他劳动者替代工作的岗位。
合法性判断：
- 如果员工在公司的工作岗位符合上述临时性、辅助性或替代性的特征，且公司按照法律规定与劳务派遣单位签订了劳务派遣协议，那么员工一直签第三方合同（劳务派遣合同）在形式上是合法的。
- 如果员工的工作岗位并不符合上述特征，或者公司未按照法律规定与劳务派遣单位签订劳务派遣协议，那么这种用工方式可能构成违法劳务派遣，员工有权要求公司改正或寻求法律救济。
二、长期签订劳务派遣合同的潜在问题
同工同酬问题：
- 根据《劳动合同法》的规定，被派遣劳动者享有与用工单位的劳动者同工同酬的权利。如果公司未按照这一规定执行，员工有权要求公司支付同工同酬的差额部分。
劳动关系认定问题：
- 长期签订劳务派遣合同可能导致员工与实际用工单位之间形成事实上的劳动关系，而员工与劳务派遣单位之间的劳动关系可能变得名存实亡。这种情况下，员工可能面临劳动关系认定上的困难，进而影响其权益的保障。
社保缴纳问题：
- 劳务派遣单位作为用人单位，有义务为员工缴纳社会保险。如果劳务派遣单位未按照规定缴纳社会保险，员工有权要求劳务派遣单位补缴，并可能因此遭受损失而要求赔偿。
三、建议与措施
审查合同与岗位：
- 员工应仔细审查自己签订的劳务派遣合同以及所在岗位的性质，判断是否符合劳务派遣的合法性要求。
与公司沟通：
- 如果员工认为自己的用工方式存在问题，可以与公司进行沟通，要求公司改正或提供合理的解释。
寻求法律救济：
- 如果公司拒绝改正或无法提供合理的解释，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律救济，通过法律途径维护自己的合法权益。
进一步思考：员工在面对长期签订劳务派遣合同的情况时，应充分了解自己的权益和法律规定，积极与公司沟通并寻求法律救济。同时，公司也应遵守法律规定，合理使用劳务派遣用工形式，保障员工的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。