船员打船长属于违法行为，需根据具体情节承担相应法律责任，可能涉及行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任，具体处理方式需结合伤情、行为动机及事件背景综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若伤情较轻（未构成轻伤及以上）

• 行政处罚：根据《治安管理处罚法》第43条，殴打他人或故意伤害他人身体的，可处5-10日拘留并罚款；情节较轻的（如首次、未造成明显伤害），可处5日以下拘留或500元以下罚款。
  
• 民事赔偿：船员需赔偿船长医疗费、误工费等实际损失，双方可协商或通过法院诉讼解决。
  
• 船方处理：船公司可能依据内部规章制度（如《船员条例》）对涉事船员进行纪律处分，包括警告、扣薪、解雇等。

2. 若伤情较重（构成轻伤及以上）

• 刑事责任：根据《刑法》第234条，故意伤害他人身体的，处3年以下有期徒刑、拘役或管制；致人重伤的，处3-10年有期徒刑；致人死亡或以特别残忍手段致重伤造成严重残疾的，处10年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。
  
• 刑事附带民事诉讼：船长可在刑事案件中提起附带民事诉讼，要求船员赔偿医疗费、残疾赔偿金等损失。
  
• 船方责任：若船方未尽到安全管理义务（如未及时制止冲突），可能需承担补充赔偿责任，但主要责任仍在直接侵权人（船员）。

3. 特殊情形处理

• 正当防卫或防卫过当：若船长先动手，船员为保护自身安全反击，可能构成正当防卫（无需担责）或防卫过当（需减轻责任），需结合现场证据（如监控、证人）认定。
  
• 职务行为争议：若冲突因工作指令引发（如船长命令违法或危险作业），船员可通过内部申诉或劳动仲裁解决，但暴力行为仍可能被追责。
  
• 涉外因素：若船舶在境外或涉及外籍船员，需根据属地法律及国际公约（如《海事劳工公约》）处理，可能涉及引渡或外国法院诉讼。

建议行动步骤

1. 立即报警：由公安机关调查伤情、固定证据（如伤情鉴定、现场监控）。
   
2. 保留证据：船方应保存船员名单、值班记录、冲突视频等材料，以备后续责任认定。
   
3. 协商或诉讼：根据伤情选择协商赔偿或通过法律途径解决，避免冲突升级。
   
4. 内部调查：船公司需调查事件原因，完善管理措施（如加强船员心理辅导、明确指挥权限），防止类似事件发生。

若您是涉事方或船方，可进一步提供细节（如伤情、冲突原因、船舶国籍等），我将为您分析具体法律风险及应对方案。