结论：法院已经判决确认了劳动关系，单位在两年后又否认的，这一行为在法律上通常是无效的。你可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
分析说明：
法院判决的效力：
- 法院的判决是具有法律效力的，一旦判决确认了劳动关系，那么这一确认就是终局性的，对双方都有约束力。
- 单位在判决生效后，又否认劳动关系的，这一行为并不改变法院判决的效力。单位不能仅凭自己的单方面声明就否定已经生效的法院判决。
单位的否认行为：
- 如果单位在判决后否认劳动关系，这可能构成对法院判决的违反，你可以向法院申请强制执行判决，或者就单位的否认行为提起新的诉讼，要求单位承担相应的法律责任。
- 在实际操作中，你需要收集并保存好所有与劳动关系相关的证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以备不时之需。
可能的法律后果：
- 如果单位坚持否认劳动关系，并且这一否认行为给你造成了损失（如工资损失、社保损失等），你可以要求单位进行赔偿。
- 在极端情况下，如果单位的否认行为构成恶意诉讼或虚假陈述，单位还可能面临法律上的制裁，如罚款、赔偿对方损失等。
行动建议：
与单位协商：
- 首先，你可以尝试与单位进行协商，看是否能够达成和解。在协商过程中，你可以明确告知单位法院判决的效力，以及单位否认劳动关系可能面临的法律后果。
申请强制执行：
- 如果协商无果，你可以向法院申请强制执行判决。法院会根据判决内容，采取相应的强制措施，如冻结单位账户、查封单位财产等，以迫使单位履行判决义务。
提起新诉讼：
- 如果单位的否认行为给你造成了新的损失，你可以考虑就这一行为提起新的诉讼。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据证明单位的否认行为以及这一行为给你造成的损失。
后续思考：
- 在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。不要因为单位的否认行为而情绪激动或采取过激行为，这可能会对你的权益造成更大的损害。
- 如果你对法律程序或相关法律规定不熟悉，建议及时咨询专业律师（即我本人，陈俊宇律师，专注于婚姻家庭、刑事辩护、合同纠纷、土地纠纷、经济纠纷、劳动纠纷、离婚、交通事故领域），以获取更具体的法律建议和指导。
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