当法院判决了事实劳动关系而单位不认可时，单位的这种不认可并不能直接改变法院的判决结果。法院的判决是有法律效力的，必须履行。如果单位确实对判决有异议，应该通过合法的途径来解决，而不是简单地表示不认可就拒绝履行。

1. 单位不能仅凭不认可就否定法院认定的事实：

   • 法院的判决是有法律效力的，一旦判决生效，单位就必须履行。
   • 如果单位有新的证据能够推翻原判决所认定的事实，可以在判决发生法律效力后六个月内向上一级人民法院申请再审。

2. 单位应通过合法程序解决异议：

   • 如果单位对判决有异议，应该通过法律途径来提出，比如申请再审或者上诉。
   • 单位不能无理拒绝履行判决，否则对方可以申请法院强制执行，让单位履行生效裁判确定的义务。

3. 劳动者应如何应对：

   • 劳动者可以保留好所有与劳动关系相关的证据，以备不时之需。
   • 如果单位拒绝履行判决，劳动者可以向法院申请强制执行，维护自己的合法权益。

综上所述，当法院判决了事实劳动关系而单位不认可时，单位应该通过合法途径来解决异议，而不是简单地表示不认可就拒绝履行。劳动者也应该保留好相关证据，必要时向法院申请强制执行来维护自己的权益。如果你在这个过程中有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。