结论：根据您描述的情况，员工在离职两年后因几百元工资拖欠问题申请劳动仲裁，可能面临超过仲裁时效的风险，但具体仍需结合实际情况判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、仲裁时效的法律规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。对于拖欠工资的争议，通常从工资应当支付之日起计算仲裁时效。
分析：
- 在您的情况下，员工离职已经两年，如果这几百元工资是在离职时或之前就应支付的，那么从工资应支付之日起算，很可能已经超过了一年的仲裁时效。
- 但是，如果存在特殊情况，如员工在离职后一直向用人单位主张权利，或者用人单位承诺支付但未履行等，可能导致仲裁时效的中断或重新计算。
二、超过仲裁时效的法律后果
如果劳动争议确实超过了仲裁时效，那么劳动争议仲裁委员会可能会不予受理员工的仲裁申请。即使受理了，如果用人单位在仲裁过程中提出时效抗辩，员工也可能面临败诉的风险。
分析：
- 员工需要承担举证责任，证明其仲裁申请未超过时效，或者存在时效中断、重新计算的情形。
- 如果无法提供充分证据，员工可能无法通过劳动仲裁途径追回拖欠的工资。
三、建议与措施
收集证据：
- 员工应尽快收集与拖欠工资相关的证据，如工资条、银行转账记录、工作记录、与用人单位的沟通记录等。
- 这些证据有助于证明工资拖欠的事实以及仲裁时效是否中断或重新计算。
尝试协商：
- 在申请仲裁前，员工可以尝试与用人单位进行协商，看是否能够达成和解协议并支付拖欠的工资。
- 协商解决可以节省时间和成本，避免法律程序的繁琐。
咨询专业律师：
- 如果员工对仲裁时效、证据收集或协商解决等方面存在疑问，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
- 我会帮助员工评估案件胜诉的可能性，并制定合适的维权策略。
考虑其他途径：
- 如果劳动仲裁确实不可行，员工还可以考虑通过诉讼途径追回拖欠的工资。
- 在诉讼过程中，员工需要遵循民事诉讼法的相关规定，并承担相应的举证责任。
总结与进一步行动建议：
员工在离职两年后因几百元工资拖欠问题申请劳动仲裁，确实可能面临超过仲裁时效的风险。但是，具体是否超过时效还需结合实际情况判断。因此，我建议员工尽快收集相关证据，并尝试与用人单位进行协商。如果协商无果或存在其他复杂情况，员工可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。