休假期间提出辞职申请是合法的。这一结论基于我国现行的劳动法律法规，以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
辞职权的保障：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者享有解除劳动合同的权利。具体来说，劳动者只需提前三十日以书面形式通知用人单位，即可解除劳动合同；若处于试用期内，则提前三日通知即可。这一规定并未对提出离职的时间作出限制，因此，无论是在工作日还是休假期间，劳动者都有权提出辞职申请。
年假与辞职的关系：
- 年假是劳动者依法享有的福利，员工在休年假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。休完年假后提出辞职，并不影响年假的合法性，已休年假不会被扣回或无效。如果员工在辞职时仍有未休的年假，用人单位应按照相关规定折算成相应的工资支付给员工。
请假与辞职的独立性：
- 请假是劳动者因个人原因需要暂时离开工作岗位的情况，而辞职是劳动者主动解除与用人单位的劳动关系。请假期间并不影响劳动者行使辞职权，只要劳动者按照法律规定提前通知用人单位，即可依法解除劳动合同。
实际操作层面
提前沟通与协商：
- 虽然法律没有规定必须在特定时间提出离职，但考虑到休假的特殊性，劳动者在提出离职前可以主动与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，以了解是否有特殊的工作安排或休假情况。提前沟通有助于双方更好地理解彼此的需求和期望，也有助于确保离职过程的顺利和平稳。
留存证据：
- 为了确保离职流程的顺利进行，劳动者在休假期间提出离职时，应采取有效方式留存证据。例如，可以通过书面邮件（并确保留存发送记录）或EMS快递等方式向用人单位发送离职通知，明确表述离职意向、预计离职时间以及希望与单位沟通的具体事项等关键信息。
跟进离职申请处理进度：
- 休假结束后，劳动者应及时与单位的相关人员取得联系，跟进离职申请的处理进度，并就离职手续的具体安排进行进一步的沟通和确认。这有助于避免因沟通不畅或处理不及时而导致的离职流程延误。
特殊情况下的辞职
- 如果用人单位存在拖欠工资、未依法为员工缴纳社会保险费等违法行为，劳动者可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条立即解除劳动合同，甚至无需事先告知用人单位。这是对劳动者权益的特殊保护，确保了劳动者在面临用人单位违法行为时能够迅速脱离不良工作环境。
总结与建议：休假期间提出辞职申请是合法的，但为了确保离职流程的顺利进行，建议劳动者提前与用人单位沟通协商，并采取有效方式留存证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。