工伤认定由职工本人申请后，后期的工伤赔偿不一定完全由公司支付，具体取决于多种情况。以下是对此问题的详细分析：

一、工伤赔偿的支付主体

1. 工伤保险基金支付：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。治疗工伤所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。
   • 此外，职工住院治疗工伤的伙食补助费，以及经医疗机构出具证明，报经办机构同意，工伤职工到统筹地区以外就医所需的交通、食宿费用等，也由工伤保险基金支付。
   • 职工因工致残被鉴定为一级至十级伤残的，还可以从工伤保险基金按伤残等级支付一次性伤残补助金。

2. 用人单位支付：

   • 在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
   • 职工因工致残被鉴定为五级、六级伤残的，保留与用人单位的劳动关系，由用人单位安排适当工作。难以安排工作的，由用人单位按月发给伤残津贴。
   • 职工因工致残被鉴定为七级至十级伤残的，劳动、聘用合同期满终止，或者职工本人提出解除劳动、聘用合同的，由用人单位支付一次性伤残就业补助金。

二、特殊情况下的支付责任

1. 用人单位未依法缴纳工伤保险费：

   • 如果用人单位未依法缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由用人单位支付工伤保险待遇。用人单位不支付的，从工伤保险基金中先行支付，然后由社会保险经办机构依照本法规定追偿。

2. 第三人侵权导致的工伤：

   • 如果工伤是由第三人侵权造成的，职工有权同时获得工伤保险赔偿和民事侵权赔偿。但需要注意的是，医疗费等实际发生的费用不能重复获得赔偿。

三、工伤认定的申请主体

• 工伤认定的申请主体包括用人单位、工伤职工或者其近亲属、工会组织。因此，职工本人有权申请工伤认定，但这并不影响后续工伤赔偿的支付主体和支付方式。

四、建议与注意事项

1. 及时申请工伤认定：

   • 职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病后，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
   • 如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

2. 保留相关证据：

   • 在申请工伤认定和后续工伤赔偿过程中，职工应保留好与工伤事故相关的证据，如医疗记录、事故报告、证人证言等，以便在需要时提供证明。

3. 咨询专业律师：

   • 如果在工伤认定和赔偿过程中遇到复杂问题或争议，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议和帮助。

综上所述，工伤认定由职工本人申请后，后期的工伤赔偿支付主体取决于多种情况，包括是否缴纳工伤保险费、工伤等级以及是否存在第三人侵权等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。