公司考勤扣款是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 规章制度的合法性

   • 制定与公示：公司若要在考勤方面扣除员工工资，其规章制度中必须明确规定考勤制度，并且该制度需经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），同时向劳动者进行公示或告知。若规章制度未经过上述程序，或未对劳动者进行公示或告知，则公司据此扣考勤工资是不合法的。
   • 内容合理性：规章制度中的考勤扣款条款应当合理，不能过度惩罚员工。例如，扣款金额应与迟到的严重程度相适应，避免因为轻微迟到就扣除大量工资。

2. 扣除数额的合理性

   • 法律限制：扣除的考勤工资数额应符合法律规定，一般不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若扣除数额过高，超出了法律规定的限度，或导致劳动者工资低于最低工资标准，则公司的扣款行为是不合法的。
   • 实际案例：假设某员工月工资为5000元，公司规定迟到一次扣100元。若该员工一个月迟到三次，则扣除300元后，其剩余工资仍高于当地最低工资标准，这样的扣款在数额上是合理的。但如果公司规定迟到一次扣1000元，则显然超出了合理范围。

3. 考勤记录的准确性

   • 记录真实：公司的考勤记录应准确无误，反映员工的真实出勤情况。若考勤记录存在错误，如将正常出勤记录为旷工，从而扣除考勤工资，这种情况是不合法的。
   • 异议处理：员工对考勤记录有异议时，公司应提供合理的申诉渠道，允许员工提出异议并重新核查考勤记录。

4. 工资构成的影响

   • 基本工资保护：基本工资和固定福利是劳动者应得的报酬，不能随意扣除。若公司无故扣除这部分工资作为考勤罚款，是不合法的。
   • 奖励性待遇：奖励性待遇（如绩效奖金）的扣除则需基于合理的考勤制度或合同条款。若公司规章制度中明确规定了因考勤问题可以扣除绩效奖金，且该制度合法有效，则公司可以据此扣除。

应对措施：

• 与公司协商：若员工认为公司的考勤扣款不合法，首先可以尝试与公司进行友好协商，了解扣工资的具体原因，并要求公司给出合理解释。如因打卡记录问题导致的扣工资，可提出异议并要求公司重新核查。
• 投诉举报：若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其对公司的行为进行调查并采取措施保护劳动者权益。
• 申请劳动仲裁或提起诉讼：若投诉举报后问题仍未解决，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据以支持自己的主张。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。

注意事项：

• 保留证据：在维权过程中，员工务必妥善保留并整理各类相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以便在需要时提供证明。
• 了解法律：建议员工在维权前了解相关的劳动法律法规，以便更好地维护自己的权益，并确保自己的行为符合法律规定。

综上所述，公司考勤扣款的合法性需根据具体情况判断。员工在面对此类问题时，应首先了解公司的规章制度和扣款依据，然后采取合适的应对措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。