事业单位考勤扣款是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法考勤扣款的情形
依据合法有效的规章制度：
- 事业单位若制定了合法、合理且经过民主程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表平等协商等）通过的考勤管理制度，并明确规定了迟到、早退、旷工等行为的扣款标准，且该制度已向员工公示或告知，那么依据这些制度进行的考勤扣款通常是合法的。
- 例子：某事业单位规定，员工迟到或早退30分钟以内，每次扣款50元；超过30分钟，每次扣款100元，且该规定已通过职工代表大会讨论通过，并向全体员工公示。在此情况下，对迟到或早退的员工进行相应扣款是合法的。
扣款金额合理：
- 即使存在合法的考勤扣款制度，扣款金额也需合理，不能过分高于员工因迟到、早退或旷工给单位造成的实际损失。一般来说，扣款金额应与员工的工资水平、迟到或早退的时间长度等因素相匹配。
- 例子：若员工月工资为5000元，因迟到一次被扣款500元，这可能被视为扣款金额不合理，因为扣款金额过高，可能超出了员工因迟到给单位造成的实际损失。
二、违法考勤扣款的情形
无合法有效的规章制度：
- 如果事业单位没有制定合法、合理且经过民主程序通过的考勤管理制度，或者该制度未向员工公示或告知，那么依据这些制度进行的考勤扣款可能是违法的。
- 例子：某事业单位未制定任何考勤管理制度，却突然对员工进行考勤扣款，这显然是违法的，因为缺乏合法的扣款依据。
扣款金额过高或不合理：
- 如前所述，即使存在合法的考勤扣款制度，如果扣款金额过高或不合理，也可能被视为违法。扣款金额应与员工的实际损失相匹配，不能过分高于员工的工资水平或迟到、早退的时间长度所对应的损失。
违反法律法规的强制性规定：
- 根据《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果事业单位的考勤扣款行为违反了这些强制性规定，那么该行为也是违法的。
- 例子：某事业单位以员工迟到为由，直接扣除了员工当月的全部奖金或部分工资，且该扣款行为未事先与员工协商一致，也未在劳动合同或规章制度中明确规定，这可能被视为违反了法律法规的强制性规定。
三、法律建议
对于员工：
- 如果认为事业单位的考勤扣款行为违法，可以先与单位进行协商，要求单位提供合法的扣款依据和合理的扣款金额。
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于事业单位：
- 应制定合法、合理且经过民主程序通过的考勤管理制度，并明确规定迟到、早退、旷工等行为的扣款标准。
- 在实施考勤扣款时，应确保扣款金额合理，且不违反法律法规的强制性规定。
- 应定期对考勤管理制度进行审查和更新，以确保其合法性和合理性。
如果你在事业单位考勤扣款方面遇到具体问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。