事业单位上班迟到扣钱是否违法，需根据具体情况来判断，主要取决于单位内部的规章制度、相关法律法规以及扣罚行为的公平合理性。以下是对此问题的详细分析：

合法情况

1. 有明确且合法的规章制度

   • 事业单位需制定明确的规章制度，其中应详细规定迟到行为及相应的扣工资标准。规章制度的制定和通过必须遵循法定程序，如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向全体职工公示或告知。若规章制度合法且员工已知晓并同意，那么因迟到扣工资的行为是合法的。

2. 扣工资额度合理

   • 扣除的工资数额应与迟到造成的影响相匹配，不能过高。扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准，这是保障员工基本生活权益的底线。例如，若员工因迟到被扣除的工资后，其剩余工资仍高于当地最低工资标准，且扣罚金额与迟到时间、影响程度等相称，那么这种扣罚是合理的。

3. 员工已知晓并同意该制度

   • 员工在入职时或规章制度制定后，应被明确告知相关扣工资的规定。员工对规章制度的理解和同意是扣工资行为合法性的重要前提。如果员工在知晓并同意规章制度的情况下迟到并被扣工资，那么这种扣罚是合法的。

不合法情况

1. 无规章制度或制度不合法

   • 若事业单位没有关于迟到扣工资的相关规章制度，或制度未经合法程序制定，未向员工公示，则扣工资行为不合法。例如，领导随意口头决定扣工资，无任何书面制度依据，这种行为就属于违法。

2. 扣工资额度过高

   • 若扣除的工资数额严重超出合理范围，损害了员工的基本权益，则扣工资行为同样不合法。例如，因一次迟到扣除当月全部工资，显然不合理且不合法。

3. 违反法律强制性规定

   • 扣除工资后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果扣除后的工资低于这一标准，那么扣工资行为就违反了法律规定，是不合法的。

员工权益保护建议

若事业单位职工认为单位扣工资的行为不合法，可采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 沟通协商：首先与单位进行沟通协商，要求单位说明扣工资的依据和理由。
2. 向上级反映：若协商不成，可向事业单位的上级主管部门反映情况，寻求帮助。
3. 法律途径：若上述方式均无法解决问题，可通过申请劳动人事争议仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

总结来说，事业单位因员工迟到扣工资的行为是否合法，需根据具体情况而定。只有满足所有合法条件时，扣工资行为才被视为合法。员工在面对此类问题时，应了解自己的权益，并采取适当措施进行维权。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。