考勤打卡扣工资是否合法，主要取决于公司的规章制度是否合法合理，并且是否得到了员工的明确同意，同时需符合国家相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

合法合理的情况

1. 规章制度明确且员工知情

   • 如果公司的规章制度中明确规定了考勤打卡制度，包括打卡方式、时间、未打卡的处理方式（如扣工资）等，并且该规章制度是通过合法程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），且已向员工公示或告知，那么按照规定对未打卡行为扣除一定工资是合理的。
   • 示例：公司《考勤管理办法》规定，员工无正当理由未打卡将扣除当日工资的20%，该办法经职工代表大会讨论通过并公示，员工入职时签署知晓文件。在此情况下，因员工未打卡而扣工资是合法的。

2. 未打卡行为对工作造成影响

   • 如果员工的未打卡行为导致了工作延误、秩序混乱等不良后果，用人单位可以根据影响程度对员工进行相应处罚，包括扣除工资。但需注意，处罚应合理且与影响程度相当。
   • 示例：员工因未打卡导致无法及时参与重要会议，给公司造成损失，公司根据规章制度扣除其部分工资作为补偿，这是合理的。

3. 扣除的是与考勤相关的绩效工资部分

   • 如果用人单位的规章制度中明确规定了“未打卡按旷工处理”，且扣除的是与考勤相关的绩效工资部分，而非基本工资，这种扣除也是合理的。但同样需确保规章制度合法且员工知情。

不合法不合理的情况

1. 规章制度不合法或未经公示

   • 如果公司的考勤制度存在不合理的规定，如扣除工资比例过高，或者规章制度没有经过法定程序制定，也没有向员工公示或告知，那么扣工资的行为是不合法且不合理的。
   • 示例：公司规定漏打卡一次就扣除当月全部工资，这种规定明显不合理且违法。

2. 存在特殊情况或不可抗力因素

   • 如果员工因不可抗力等特殊原因未能打卡，如突发疾病、自然灾害等，并能提供合理证明，用人单位不应扣除工资。
   • 示例：员工因突发疾病未能按时打卡，并及时向公司提供了医院证明，公司不应扣除其工资。

3. 无故克扣工资

   • 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，如果员工正常出勤但忘记打卡，且未给单位造成损失，公司不能扣工资。

劳动者权益保护与建议

• 劳动者：如遇到漏打卡被扣工资的情况，首先应查看公司规章制度，确认自己是否确实违反了规定。如果认为公司扣工资的行为不合理或违法，可以向人社局的劳动监察大队举报投诉，或者依据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
• 用人单位：在制定和执行考勤制度时，应确保制度的合法性和合理性，充分考虑员工权益和感受，遵循公平、公正的原则。对于因特殊原因无法按时打卡的员工，应给予合理的解释和补救措施。

综上所述，考勤打卡扣工资是否合法，需根据具体情况判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。