结论：针对您上12小时班但考勤记录都在公司，想要仲裁加班费的问题，您完全有权利申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。考勤记录虽在公司，但您可以通过合法途径获取相关证据，并依据劳动法规定来主张自己的加班费。
分析说明：
加班费的法律依据：
- 根据《劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。超出部分应视为加班，用人单位应支付加班费。
- 加班费的具体计算标准通常根据劳动合同或公司规章制度来确定，但一般不低于劳动者正常工作时间工资的150%（工作日加班）、200%（休息日加班且不能安排补休）或300%（法定节假日加班）。
考勤记录的获取：
- 考勤记录是证明您加班事实的关键证据。虽然考勤记录在公司，但您有权要求公司提供或复制相关记录作为仲裁证据。
- 如果公司拒绝提供，您可以尝试通过其他方式证明加班事实，如工作邮件、工作记录、同事证言等。在劳动仲裁过程中，仲裁机构也有权要求公司提供相关证据。
劳动仲裁的流程：
- 准备证据：收集所有能证明您加班事实的证据，包括但不限于考勤记录（如能获取）、工作邮件、工作记录、同事证言等。
- 提交仲裁申请：向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
- 仲裁审理：仲裁委员会将安排审理，双方将有机会陈述自己的观点和提供证据。
- 裁决结果：仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定作出裁决，裁决结果具有法律效力。
可能的法律后果：
- 如果仲裁委员会认定您存在加班事实且公司未支付加班费，将裁决公司支付您相应的加班费及可能的滞纳金或赔偿金。
- 如果公司拒绝执行仲裁裁决，您还可以向法院申请强制执行。
行动建议：
- 与公司协商：在申请仲裁前，您可以尝试与公司协商解决加班费问题，看是否能达成和解。
- 咨询专业律师：虽然我已经为您提供了一些法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。如果您需要更详细的法律指导或代理仲裁过程，请随时向我咨询。
- 保留证据：在申请仲裁前，请确保您已收集并保存好所有能证明加班事实的证据。
特殊场景：
- 如果公司采用电子考勤系统且您无法直接获取考勤记录，您可以向公司提出书面申请要求提供考勤记录作为仲裁证据。如果公司拒绝提供，您可以在仲裁过程中申请仲裁委员会责令公司提供。
- 如果同事愿意为您作证证明加班事实，请确保他们的证言真实可靠，并尽可能提供他们的联系方式以便仲裁委员会核实。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。