结论：公司离职时只给保底工资，这种做法是否合法需分情况判断，若不合法，您有权要求公司补足工资差额，甚至可通过法律途径维权。以下是具体分析：
- 看劳动合同及公司制度约定
- 若劳动合同或公司合法有效的规章制度中明确规定，离职时工资计算方式就是按照保底工资发放：这种情况下，公司按照保底工资支付可能具有一定的合理性基础。但前提是这些规定本身不违反法律法规的强制性规定。例如，保底工资不得低于当地最低工资标准，如果保底工资本身就低于最低工资标准，那么该规定就是无效的，公司不能以此为由只支付保底工资。
- 若劳动合同和公司制度均未明确规定离职时按保底工资发放：那么公司这种做法就缺乏合法依据。一般来说，离职时工资应当按照员工实际工作情况和正常的工资计算方式来结算，包括基本工资、绩效工资、奖金等各项应得收入。
- 看离职原因
- 员工主动离职：即便员工主动提出离职，只要员工按照法律规定提前通知了公司（试用期提前3日，非试用期提前30日），并且在离职前正常履行了工作职责，公司就应当按照实际工作情况支付全额工资，而不能只给保底工资。
- 公司违法解除劳动合同导致员工离职：公司属于违法解除，需要承担相应的法律责任。员工除了可以要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金外，还可以要求公司按照实际工作情况结清工资，不能仅支付保底工资。
- 员工因严重违反公司规章制度等自身过错被公司合法解除劳动合同：在这种情况下，公司可以依据规章制度对员工进行相应的处罚，比如扣除部分绩效工资等，但扣除后的工资也不得低于当地最低工资标准，不能随意只支付保底工资。
建议：
- 与公司协商：您可以先与公司的人力资源部门或者相关负责人进行沟通，明确指出公司只支付保底工资的做法可能存在问题，要求公司按照实际工作情况结算工资，并出示相关的工资计算依据。
- 收集证据：如果协商无果，您需要收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作成果证明等，以证明您实际的工作情况和应得的工资数额。
- 申请劳动仲裁：准备好证据后，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付工资差额。如果对仲裁结果不满意，还可以在规定时间内向法院提起诉讼。