结论前置：关于“保底5000离职后只给底薪是否合法”的问题，这主要取决于劳动合同中的具体约定以及离职的具体原因和情形。以下我将从多个角度进行分析。
劳动合同的约定：
- 如果劳动合同中明确约定了保底工资为5000元，且没有附加任何条件或限制，那么用人单位在离职时只支付底薪（假设底薪低于5000元）显然是违反了劳动合同的约定，因此是不合法的。
- 如果劳动合同中虽然提到了保底工资5000元，但同时也规定了某些条件下（如离职时）只支付底薪，那么在这种情况下，用人单位的行为可能是合法的，但具体还需看合同的具体条款和离职时的实际情况。
离职的原因和情形：
- 如果劳动者是因个人原因主动离职，且劳动合同中没有特别约定离职时的工资支付方式，那么用人单位可能只需按照实际工作天数或合同约定的方式支付工资，但不应低于当地最低工资标准。然而，这并不意味着用人单位可以随意降低工资至底薪水平，除非劳动合同中有明确约定。
- 如果劳动者是被用人单位解雇或劳动合同因用人单位的原因而终止，那么根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位可能需要支付经济补偿金，且工资支付应遵循劳动合同的约定或相关法律法规的规定。在这种情况下，只支付底薪很可能是不合法的。
法律法规的遵循：
- 无论劳动合同如何约定，用人单位在支付工资时都必须遵守国家相关的法律法规，如《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等。这些法律法规规定了工资支付的基本原则和最低标准，用人单位不得违反。
法律建议：
- 如果你认为用人单位的行为不合法，首先可以尝试与用人单位进行协商，要求其按照劳动合同的约定支付工资。
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果用人单位确实存在违法行为，如未按照劳动合同的约定支付工资，那么它可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 同时，用人单位还可能需要向劳动者支付经济补偿金或赔偿金，具体数额根据违法行为的严重程度和劳动者的实际损失来确定。
举例说明：
假设你与用人单位签订的劳动合同中明确约定了保底工资为5000元，且没有附加任何条件或限制。后来你因个人原因主动离职，但用人单位在离职时只支付了你底薪2000元。在这种情况下，用人单位的行为就是违法的，因为它没有按照劳动合同的约定支付工资。你有权要求用人单位补发差额工资，并可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，保底5000离职后只给底薪是否合法，取决于劳动合同的具体约定以及离职的具体原因和情形。如果你对此有疑问或认为自己的权益受到了侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。