离职后公司要扣回保底工资，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果员工与公司签订的劳动合同中明确约定了保底工资，并且没有约定离职时需要扣回保底工资的条款，那么公司扣回保底工资的行为就是违法的。因为劳动合同是双方自愿签订的，具有法律约束力，双方都应按照合同约定履行义务。
- 如果劳动合同中有约定离职时需要扣回保底工资的条款，那么需要进一步审查该条款是否合法。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的条款是无效的。因此，如果该条款被认定为无效，公司扣回保底工资的行为仍然是违法的。
法律规定角度：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。保底工资作为劳动报酬的一部分，用人单位无权随意扣回。
- 如果公司因为员工离职而扣回保底工资，这实际上是对员工劳动成果的剥夺，违反了劳动法的相关规定。员工有权要求公司支付被扣回的保底工资，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
特殊情况角度：
- 在某些特殊情况下，如员工违反公司规章制度或造成公司经济损失等，公司可能会根据相关规定或劳动合同约定对员工进行罚款或赔偿。但是，这种罚款或赔偿应当合理合法，并且不能超过员工的实际损失。如果公司以此为由扣回保底工资，且扣回的金额超过了员工的实际损失或违反了相关规定，那么这种行为仍然是违法的。
法律建议：
- 如果员工遇到公司扣回保底工资的情况，首先应当查看劳动合同中的相关条款，了解自己的权益和义务。
- 如果认为公司的行为违法，可以与公司进行协商，要求公司支付被扣回的保底工资。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司扣回保底工资的行为被认定为违法，公司可能需要支付被扣回的保底工资以及相应的经济补偿或赔偿金。
- 同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失等后果。
总之，离职后公司要扣回保底工资是否合法，需根据具体情况来判断。员工应当了解自己的权益和义务，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。