结论：公司可依据规章制度及法律规定，通过书面通知员工办理转正手续，若员工仍不申请，公司可按转正后待遇处理劳动关系；若员工因此离职，需根据具体情况判断是否需支付经济补偿。以下是具体分析：

1. 公司规章制度层面

   • 若公司规章制度明确规定员工试用期满后需主动申请转正，且该制度已通过民主程序制定并公示或告知员工，那么员工有义务按照制度要求申请转正。公司可先与员工进行沟通，了解其不申请转正的原因，向其说明公司的转正流程和规章制度要求，并书面通知员工在规定期限内提交转正申请。
   • 若员工在规定期限内仍不申请，公司可依据规章制度，视为员工自动同意按转正后的待遇和条件继续工作，并从试用期满次月起按照转正后的工资标准支付工资。同时，公司应保留好与员工沟通的记录以及书面通知等证据，以备后续可能出现的纠纷。

2. 法律规定层面

   • 根据《劳动合同法》规定，试用期包含在劳动合同期限内。劳动合同仅约定试用期的，试用期不成立，该期限为劳动合同期限。这意味着，试用期满后，除非劳动合同另有约定或者公司能够证明员工不符合录用条件，否则员工即自动转为正式员工，公司应按照正式员工的待遇支付工资。
   • 在本案例中，公司通知员工申请转正且转正工资不变，说明公司认可员工试用期表现并愿意继续留用。若员工不申请转正，公司可依据上述法律规定，从试用期满次月起直接按照转正后的工资标准支付工资，无需再等待员工申请。

3. 员工离职及经济补偿层面

   • 若员工因公司未明确其已转正或对转正事宜有异议而选择离职，公司需根据具体情况判断是否需支付经济补偿。如果公司能够证明已按照规章制度和法律规定履行了通知和告知义务，且员工离职并非因公司过错导致，那么公司无需支付经济补偿。
   • 如果公司存在过错，如未及时通知员工转正、未按照转正后工资标准支付工资等，导致员工离职，那么公司可能需按照《劳动合同法》的规定支付经济补偿。

建议：公司应完善规章制度，明确转正流程和要求，并通过民主程序制定并公示或告知员工。在处理员工转正事宜时，公司应保持与员工的良好沟通，确保员工了解转正流程和待遇变化。若员工不申请转正，公司应依据规章制度和法律规定妥善处理，并保留好相关证据以备后续纠纷。如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询。