在处理工伤认定时，确定公司主体（即承担工伤保险责任的单位）是一个关键步骤。以下是一些详细的步骤和考虑因素，帮助您理解如何认定公司主体：
一、基本材料准备
首先，您需要准备一些基本材料来提出工伤认定申请，这些材料包括：
工伤认定申请表：这是申请工伤认定的正式文件，需要详细填写事故发生的时间、地点、原因以及受伤情况等。
与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料：这可以是劳动合同、工资单、工作证、考勤记录等，用以证明您与用人单位之间的劳动关系。
医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）：这是证明您受伤或患职业病的重要文件，需要由医疗机构出具。
二、特殊情景下的证明材料
在某些特殊情况下，您还需要提交额外的证明材料来支持您的工伤认定申请：
在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的：应提交公安部门的证明或其他有效证明，如报警记录、现场照片等。
因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的：应提交公安部门出具的证明或者其他有效证明，如出差记录、事故报告等。
在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的：应提交公安交警部门出具的事故责任认定书或者相关部门出具的有效证明。
其他特殊情况：如突发疾病死亡、在抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到伤害等，也需要提交相应的证明材料。
三、确定承担工伤保险责任的主体
在劳动关系不明确或存在转分包关系的情况下，确定承担工伤保险责任的主体可能较为复杂。以下是一些关键考虑因素：
具备用工主体资格的承包单位：根据相关规定，如果具备用工主体资格的承包单位违反法律、法规规定，将承包业务转包、分包给不具备用工主体资格的组织或者自然人，那么该组织或者自然人招用的劳动者从事承包业务时因工伤亡的，由该具备用工主体资格的承包单位承担用人单位依法应承担的工伤保险责任。
最后一家具备用工主体资格的单位：在建筑工地等存在多层转分包关系的情况下，通常可以确定最后一家具备用工主体资格的单位为承担工伤保险责任的主体。这可以通过按照工程量结算工程款或自然人所招工人工资待遇由谁负责等思路来确定。
实际用工关系：除了考虑法律上的用工主体资格外，还需要考虑实际用工关系。即受伤工人是否实际上在为某个单位工作，并接受该单位的管理和指挥。
四、案例参考
以您提供的案例为例，虽然乙公司认为其与余某之间并不成立分包关系，亦无证据证明其与李某之间存在用工关系，但人社部门根据相关规定和实际情况，认定乙公司是最后一家具备用工主体资格的公司，并应由乙公司承担工伤保险责任。这体现了在实际工作中，确定承担工伤保险责任主体时需要考虑的多方面因素。
五、后续步骤
如果您对工伤认定结论不服，可以依法向当地人民政府申请行政复议或者向有管辖权的法院提起行政诉讼。
综上所述，确定公司主体（即承担工伤保险责任的单位）需要综合考虑多方面因素，包括基本材料准备、特殊情景下的证明材料、具备用工主体资格的承包单位、最后一家具备用工主体资格的单位以及实际用工关系等。希望这些信息能帮助您更好地理解和处理工伤认定问题。