核心结论：若公司选择在起诉员工后再支付竞业补偿金，需谨慎评估法律风险与程序合规性，建议优先通过协商或仲裁前置程序解决争议，避免因支付时点不当导致竞业限制协议效力争议或员工抗辩。以下从法律程序、协议效力、实务建议三方面展开分析：

一、法律程序风险：起诉后支付可能影响争议焦点

1. 竞业限制纠纷的典型程序
   根据《劳动合同法》第23条，竞业限制纠纷通常需先通过劳动仲裁前置程序（除非双方约定仲裁条款或涉及商业秘密侵权等特殊情形）。若公司直接起诉员工违反竞业限制义务，法院可能要求先确认协议效力及员工是否违约，此时再支付补偿金可能被认定为“事后补救”，影响法院对员工主观恶意的判断。

2. 支付时点与举证责任
   若公司在起诉后支付补偿金，需在诉讼中证明：

   • 竞业限制协议本身合法有效（如期限、范围、补偿标准符合《劳动合同法》第24条）；
     
   • 员工确实存在违约行为（如入职竞争对手、自营同类业务等）；
     
   • 起诉后支付补偿金不构成对员工违约行为的“追认”或“豁免”。
     若无法充分举证，法院可能驳回公司诉求。

二、协议效力风险：支付延迟可能影响补偿金请求权

1. 补偿金支付与协议效力的关联
   根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第40条，若公司未依法支付竞业限制补偿金，员工有权请求解除竞业限制协议。若公司在起诉后支付，需确保：

   • 支付前员工未已行使解除权（如通过书面通知解除协议）；
     
   • 支付金额符合约定或法定标准（通常为离职前12个月平均工资的30%且不低于当地最低工资）。
     若支付延迟导致协议被解除，公司再主张违约金或损害赔偿将缺乏依据。

2. 员工抗辩权
   员工可能主张：

   • 公司未按时支付补偿金，构成根本违约，其无需继续履行竞业限制义务；
     
   • 起诉后支付补偿金是“胁迫”或“恶意诉讼”手段，要求法院驳回公司诉求并反诉赔偿。
     此类抗辩若成立，公司可能面临败诉风险。

三、实务建议：优先通过协商或仲裁前置解决

1. 协商补救方案
   若公司发现员工可能违约，建议优先通过书面函件要求员工停止违约行为，并同步协商支付补偿金（可注明“为保障协议履行，公司现补付XX期补偿金”）。协商过程中需固定证据（如员工签收函件、回复确认等），避免后续争议。

2. 仲裁前置程序
   若协商无果，公司应先向劳动仲裁委申请仲裁，主张：

   • 员工继续履行竞业限制义务；
     
   • 支付违约金（若协议有约定）；
     
   • 赔偿实际损失（如商业秘密泄露导致的损失）。
     仲裁阶段同步支付补偿金，可强化公司履约诚意，降低员工抗辩成功率。

3. 起诉后的补救措施
   若已直接起诉，建议在起诉状中明确：

   • 起诉行为不豁免员工竞业限制义务；
     
   • 公司愿在诉讼期间继续支付补偿金（可附支付计划）；
     
   • 要求法院判决员工承担违约金及诉讼费用。
     同时，需在开庭前完成补偿金支付，并留存转账记录、员工签收凭证等证据。

总结：起诉员工后再支付竞业补偿金需谨慎，可能面临程序瑕疵、协议效力争议及员工抗辩风险。建议优先通过协商或仲裁前置程序解决，若已起诉，需在诉讼中同步完成补偿金支付并固定证据。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合协议条款、员工行为及地方司法实践提供针对性方案。