结论：公司发现员工入职合同非本人签字时，不能简单地通过某种方式就完全不承担责任。公司是否承担责任需根据具体情况判断，以下从不同角度进行分析并提出相应建议。
一、合同效力与责任承担
合同效力问题：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同应当是双方真实意思的表示。如果员工入职合同非本人签字，那么该合同在形式上可能存在瑕疵，其效力可能受到影响。但这并不意味着合同绝对无效，如果公司能够证明员工实际履行了合同义务，且员工对合同内容知晓并认可，那么合同可能仍然有效。
公司责任承担：
- 如果合同被认定为无效或可撤销，公司可能需要根据过错程度承担相应的责任。例如，如果公司未能尽到合理的审查义务，导致非本人签字的合同得以签订，公司可能需要承担一定的赔偿责任。
- 如果合同有效，但员工存在欺诈行为（如冒用他人身份签订合同），公司有权解除合同，并可能要求员工承担违约责任或赔偿损失。然而，这并不意味着公司完全不承担责任，因为公司在招聘过程中也应尽到一定的审查义务。
二、公司应对措施
立即调查：
- 公司发现员工入职合同非本人签字后，应立即展开调查，了解合同签订的具体情况，包括是谁代签、员工是否知晓并认可合同内容等。
与员工沟通：
- 公司应与员工进行沟通，要求员工说明情况，并提供相关证据。如果员工承认非本人签字，并愿意配合公司解决问题，公司可以考虑与员工协商解决，如重新签订合同或解除合同等。
法律途径：
- 如果员工不配合或公司认为员工存在欺诈行为，公司可以通过法律途径解决。例如，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求确认合同效力或解除合同，并要求员工承担相应的责任。
完善内部管理：
- 公司应加强内部管理，完善招聘流程，确保在签订劳动合同时能够核实员工的身份和签字真实性。例如，可以要求员工在签订合同时提供身份证原件进行核对，或者采用电子签名等更安全的方式签订合同。
三、可能面临的法律后果
如果合同被认定为无效：
- 公司可能需要根据过错程度承担赔偿责任，如支付员工已工作期间的工资、经济补偿等。
如果合同有效但员工存在欺诈行为：
- 公司有权解除合同，并可能要求员工承担违约责任或赔偿损失。但公司也需注意，在解除合同前应确保有充分的证据证明员工存在欺诈行为。
四、建议
- 保留证据：公司在处理此类问题时，应保留好相关证据，如合同、员工身份信息、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
- 咨询专业律师：由于此类问题涉及法律专业知识和程序，公司可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
总之，公司发现员工入职合同非本人签字时，应冷静处理，通过调查、沟通、法律途径等方式解决问题，并加强内部管理以预防类似问题的再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。