针对事业单位人员长期不在岗，仅打卡签到后离岗的情况，在年终考核时，应依据相关规定和实际情况进行严肃处理。以下是对此问题的详细解答：
一、考勤制度依据
根据事业单位普遍实行的考勤及请销假制度，工作人员需严格遵守上下班时间，准时签到，不得擅自离岗。对于无故迟到、早退、擅自离岗或旷工的行为，制度中明确规定了相应的处罚措施，包括扣除绩效考核奖、进行诫勉谈话、全系统通报批评，甚至可能解除聘用合同。
二、长期不在岗的处理原则
核实情况：首先，单位应核实该员工长期不在岗的具体情况，包括离岗时间、原因等，确保处理依据充分、准确。
依据制度处理：根据考勤制度，对于长期不在岗且未履行请假手续的员工，应视为旷工处理。旷工天数达到一定标准的，年度考核不得高于“基本称职（基本合格）”等次，甚至可能被评为“不称职（不合格）”等次，并取消该年度所有绩效考核奖。
组织处理：对于旷工情况严重，如连续旷工超过15个工作日或1年内累计旷工超过30个工作日的员工，单位应依据《公务员法》《事业单位人事管理条例》等规定进行组织处理，包括解除聘用合同等。
三、年终考核的具体操作
考核等次评定：在年终考核时，对于长期不在岗的员工，应根据其旷工天数和情节严重程度，评定相应的考核等次。如旷工天数较多，情节严重，应直接评为“不称职（不合格）”等次。
绩效考核奖扣除：根据考勤制度，扣除该员工因旷工而应扣除的绩效考核奖。如旷工天数达到解除聘用合同标准的，还应取消其该年度所有绩效考核奖。
记录与备案：将处理结果记录在员工个人档案中，并报上级主管部门备案，作为未来晋升、奖惩等的重要依据。
四、预防与改进措施
加强制度宣传：通过培训、会议等方式，加强对考勤及请销假制度的宣传，确保员工充分了解制度内容和要求。
完善监督机制：建立健全的监督机制，定期对员工出勤情况进行检查，及时发现并纠正违规行为。
提升员工待遇与发展空间：针对员工可能因待遇不高、发展空间有限等原因选择“躺平”或另谋出路的情况，单位应积极采取措施提升员工待遇，拓宽发展空间，增强员工的归属感和职业荣誉感。
综上所述，对于事业单位人员长期不在岗，仅打卡签到后离岗的情况，单位应依据相关规定进行严肃处理，并在年终考核时给予相应的等次评定和绩效考核奖扣除。同时，还应加强制度宣传、完善监督机制、提升员工待遇与发展空间，以预防类似情况的再次发生。