针对您提出的事业单位长期不在岗且签订停薪留职协议的在编人员如何处理的问题，这是一个涉及人事管理和劳动法规的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，事业单位在编人员的管理通常遵循特定的人事管理条例和政策，这些规定可能与一般的企业劳动法规有所不同。在处理长期不在岗且签订停薪留职协议的情况时，应综合考虑以下几个方面：
一、停薪留职协议的合法性与有效性
协议签订：停薪留职协议应当是双方自愿、平等协商的结果，且内容应合法合规。协议中应明确员工的停薪留职期限、双方的权利义务、社保费用的承担方式、工龄累计等关键条款。
员工申请：员工应出具停薪留职申请书，并签字盖手印确认，作为停薪留职协议的附件。这是确保协议合法性和有效性的重要步骤。
二、长期不在岗的处理
单位管理责任：事业单位作为管理者，有责任对员工进行日常管理和监督。如果员工长期不在岗，单位应及时了解原因，并根据实际情况采取相应措施。
规章制度执行：单位应依据内部规章制度对长期不在岗的员工进行处理。如果员工违反了单位规章制度或国家法律法规，单位可以依据相关规定进行处罚，甚至解除劳动关系。
工资及津补贴发放：在停薪留职期间，根据协议约定，单位可能暂停发放员工的工资及津补贴。但需注意，如果协议中未明确约定或约定不明确，单位应谨慎处理，避免引发劳动争议。在员工解聘前，单位通常应支付其基本工资及保留津补贴，但绩效工资可能因员工未实际到岗工作而不予发放。
三、停薪留职期满后的处理
劳动关系继续或解除：停薪留职期满后，单位应根据实际情况和员工意愿决定是否继续履行劳动合同。如果继续履行，应明确工作岗位和待遇；如果解除，应依法办理离职手续。
返岗通知与旷工处理：单位可要求员工在返岗前提前告知，并明确未在规定时间内返岗将视为旷工，单位可以依据规章制度解除劳动关系。这是确保单位管理秩序和员工权益的重要措施。
四、具体案例参考
以您提供的案例为例，王某作为事业单位在编人员，长期未到岗上班且受到行政拘留及政纪处分。在这种情况下，单位可以依据相关法律法规和内部规章制度对王某进行处理。如果王某在停薪留职期间未履行协议约定或违反单位规章制度，单位有权暂停发放其工资及津补贴，并在期满后根据实际情况决定是否继续履行劳动合同或解除劳动关系。
五、建议与总结
完善协议内容：单位在签订停薪留职协议时，应确保协议内容完整、明确，涵盖双方的权利义务、停薪留职期限、工资及津补贴发放等关键条款。
加强日常管理：单位应加强对员工的日常管理和监督，及时了解员工的工作状态和出勤情况，确保单位管理秩序和员工权益。
依法处理争议：如果发生劳动争议或纠纷，单位应依法处理，积极与员工沟通协商，寻求妥善解决方案。
综上所述，对于事业单位长期不在岗且签订停薪留职协议的在编人员，单位应依据相关法律法规和内部规章制度进行妥善处理，确保单位管理秩序和员工权益的平衡。