针对事业编人员长期不在岗的问题，处理方式通常依据相关法律法规和单位内部管理制度进行，以下是一个详细且深入的处理流程：

一、核查与确认

1. 单位自查：首先，单位应组织自查，通过考勤记录、工作日志、同事反馈等多种方式，确认是否存在长期不在岗的人员。
2. 员工确认：对于疑似长期不在岗的人员，单位应与其本人进行沟通，确认其不在岗的具体原因和期限，并要求其提供相关证明材料（如病假证明、借调手续等）。

二、分类处理

根据长期不在岗的原因和性质，可以将其分为以下几类进行分别处理：

1. 无正当理由长期不在岗：

   • 对于无正当理由（如未经批准擅自离岗、旷工等）长期不在岗的事业编人员，单位应依据《全民所有制事业单位辞退专业技术人员和管理人员暂行规定》等相关法规，视情节轻重给予行政处分，或予以辞退，并扣发全额工资，上缴财政。

2. 因病长期不在岗：

   • 对于因病长期不在岗的人员，应要求其提供县级以上医疗机构出具的病假证明，并经主管领导机关批准，报人事、编制部门备案。同时，根据《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》领取工资。若未按程序办理，则按旷工处理。

3. 借调或进修长期不在岗：

   • 对于因工作需要被借调或外出进修长期不在岗的人员，应确保其已办理相关借调或进修手续，并报人事、编制部门备案。若未办理手续或到期不返回原单位，则按旷工处理。

4. 聘人代班长期不在岗：

   • 党政机关、事业单位禁止在职干部聘用人员代班。对于聘人代班的人员，单位应限期其返回单位上班，不按期上班则按旷工处理。

三、专项整治与问责

1. 专项整治：单位可以参照东城区的做法，开展长期不在岗问题专项整治工作，分阶段进行部署，包括核查上报、重点抽查、执纪问责和整改落实等阶段。
2. 执纪问责：对于查实的长期不在岗违规违纪案件，应集中查处，充分运用监督执纪“四种形态”严格惩戒问责，坚持“一案双查”，形成震慑。

四、制度建设与预防

1. 完善管理制度：单位应针对暴露出来的日常监督管理问题和薄弱环节，深入研究分析，查缺补漏、建章立制，进一步健全制度，完善权力监督和制约的长效机制。
2. 加强宣传教育：通过培训、会议等方式，加强对事业编人员的纪律教育和职业道德教育，提高其责任意识和纪律意识。
3. 畅通举报渠道：面向全区或单位内部公布举报电话、网站和信箱，欢迎党内和广大群众、新闻媒体举报监督，形成全社会共同参与的监督氛围。

综上所述，处理事业编人员长期不在岗的问题需要单位依据相关法律法规和内部管理制度进行核查、分类处理、专项整治与问责以及制度建设与预防等多方面的工作。