针对您提出的事业单位合同员工打卡未到岗但居家工作如何处理的问题，这确实是一个涉及劳动纪律和规章制度的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，无论员工是打卡未到岗还是居家工作，都应当遵循单位的规章制度和劳动合同中的相关约定。如果员工未经批准擅自未到岗，即使其声称是在居家工作，这也可能构成旷工行为，具体取决于单位的规章制度和实际情况。
处理步骤如下：
调查核实情况：
- 单位应立即与员工取得联系，了解其未到岗的具体原因。
- 如果员工声称是在居家工作，应要求其提供相关证据，如工作记录、完成的任务等，以证明其确实在工作。
依据规章制度处理：
- 根据单位的规章制度，明确旷工的定义和处理方式。例如，规章制度可能规定，未经批准擅自未到岗超过一定时间视为旷工，旷工达到一定天数将受到警告、扣罚工资或解除劳动合同等处罚。
- 如果员工无法提供充分证据证明其是在居家工作，或者其居家工作并未得到单位的批准，那么单位可以依据规章制度对其进行处理。
发送书面通知：
- 如果员工确实存在旷工行为，单位应向其发送《限期到岗通知书》或《旷工警告通知书》等书面通知，明确要求其限期到岗或说明情况。
- 通知中应明确告知员工旷工的后果，如扣罚工资、解除劳动合同等。
做出处理决定：
- 如果员工在规定期限内仍未到岗或未说明情况，单位应依据规章制度做出相关处理决定。
- 处理决定应明确、具体，并告知员工其享有的申诉权利。
公告送达（如适用）：
- 如果员工无法联系或拒绝签收相关通知，单位可以通过公告送达的方式发布《限期到岗通知书》、《解除劳动合同通知书》等。
- 公告送达应通过全省范围内有影响力的新闻报纸进行，并保留已经公告的证据。
特殊情况处理：
- 如果员工确实因特殊原因（如突发疾病、家庭紧急情况等）无法到岗，但已及时向单位说明情况并提供了相关证据，单位应根据实际情况给予理解和支持，并协商调整工作安排。
- 如果员工居家工作是得到了单位的明确批准，并且其工作表现符合单位要求，那么单位不应因其未打卡到岗而对其进行处罚。
法律依据：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
综上所述，对于事业单位合同员工打卡未到岗但居家工作的情况，单位应首先调查核实情况，然后依据规章制度进行处理，并发送书面通知告知员工旷工的后果。如果员工在规定期限内仍未到岗或未说明情况，单位可以依法做出处理决定。同时，单位也应考虑特殊情况，给予员工合理的理解和支持。