针对员工上班打卡后不在岗的问题，这是一个涉及公司管理、员工纪律以及劳动法规定的复杂情况。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、初步调查与核实
联系员工：首先，应尝试联系员工本人，了解其不在岗的具体原因。这可以通过电话、短信、邮件或企业内部通讯工具进行。
核实情况：在联系到员工后，要求其提供不在岗的合理解释，并核实其真实性。如果员工表示因特殊原因（如突发疾病、家庭紧急情况等）无法到岗，应要求其提供相关证明。
二、根据公司规章制度处理
规章制度审查：回顾公司的考勤管理制度，确认是否有关于员工不在岗、旷工或迟到早退的具体规定。这些规定应明确、合理，并符合劳动法的相关规定。
发送书面通知：
保留证据：在发送书面通知时，应确保通知已送达员工本人。这可以通过EMS特快专递、电子邮件（如果员工确认接收）或企业内部通讯工具（如企业微信、钉钉等，且员工已确认接收）进行。同时，保留好送达的证据，如邮件回单、签收记录等。
三、进一步处理措施
无法联系员工：如果无法正常取得联系又不能找到员工本人，用人单位应立刻通过EMS特快专递方式寄送“催告复工通知书”，并保留好相关单据作为证据。对于拒绝签收或者无人签收而被退回的特快专递，公司应完整保存，不得拆封。
公告送达：对于法定通讯地址不明或者无法联系、下落不明的劳动者，以及对于拒绝签收或者无人签收而被退回特快专递的，用人单位应以公告送达的方式发布《限期到岗通知书》、《解除劳动合同通知书》等。公告送达应通过全省范围内有影响力的新闻报纸进行，并保留已经公告的证据。
解除劳动关系：如果员工在规定时间内仍未到岗履行劳动合同，且根据公司规章制度，其行为已构成严重违反单位规章制度，公司有权解除劳动关系。在解除劳动关系时，应确保所有程序合法合规，避免引发劳动争议。
四、注意事项
规章制度合理性：用人单位在制定规章制度时，应确保其既符合法律法规的规定，又兼具合理性。避免过于苛刻或扩大对劳动者违纪情节的认定，以免引发劳动争议。
证据保留：在整个处理过程中，用人单位应保留好所有相关证据，如查岗记录、书面通知、送达证据等。这些证据在劳动争议中可能起到关键作用。
法律咨询：如果用人单位对处理过程或结果存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或劳动法律顾问，以确保处理过程的合法性和合规性。
综上所述，处理员工上班打卡后不在岗的问题需要谨慎、细致且合法合规。用人单位应首先进行调查核实，然后根据公司规章制度和劳动法规定采取相应措施，并保留好所有相关证据。