针对“员工上班不打卡怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及公司管理规定和劳动法的问题，需要细致且全面地考虑。
首先，我们要明确的是，公司有权制定自己的考勤管理制度，包括打卡规定，这是公司管理的一部分。员工在入职时，通常会签署相关的劳动合同或员工手册，其中就包含了这些规定，员工有义务遵守。
然而，当员工未按规定打卡时，公司不能直接采取开除等极端措施。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位解除或终止劳动合同需要符合法定条件，且通常需要支付相应的经济补偿。具体来说，如果员工只是偶尔或轻微违反打卡规定，并未达到严重违反公司规章制度或造成重大损失的程度，公司应当首先采取警告、扣分、罚款等较为温和的处罚措施，并给予员工改正的机会。
在您提供的案例中，雷某因上班打卡不规范被公司开除，但法院最终判决公司违法解除劳动合同，需要支付赔偿金。这是因为法院认为，虽然雷某确实存在打卡不规范的行为，但公司的打卡制度程序繁琐、要求严苛，且公司未组织员工对该项制度进行教学培训，因此打卡不规范属于正常现象。此外，雷某的违反行为并未达到严重的程度，所以公司解除劳动合同属于违法解除。
基于以上分析，对于员工上班不打卡的处理，我建议如下：
明确规章制度：公司应制定明确、合理、可行的打卡制度，并确保员工充分了解并签署确认。
温和处罚与教育：对于初次或轻微违反打卡规定的员工，公司应采取警告、扣分、罚款等温和措施，并进行教育引导，帮助员工改正错误。
严重违纪处理：对于多次或严重违反打卡规定，且经教育仍不改正的员工，公司可以依据规章制度进行更严厉的处罚，如降职、降薪或解除劳动合同等。但在此之前，公司应确保已经履行了充分的告知和教育义务，且员工的违纪行为确实达到了严重的程度。
依法处理：在处理员工打卡问题时，公司应严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，确保处理程序的合法性和公正性。
总之，处理员工上班不打卡的问题需要综合考虑公司规章制度、员工行为性质以及法律法规的要求，确保处理结果的合法性和合理性。