针对公司员工长期不按公司规定上班打卡的问题，这确实是一个需要细致处理的管理挑战。以下是我为您提供的详细分析和建议：

一、明确规章制度

首先，公司应确保有明确、合理的考勤管理制度，并且这一制度已经通过合法程序（如职代会审议）制定并告知全体员工。制度中应明确打卡的方式、时间、地点以及未打卡或虚假打卡的后果。例如，可以规定无故未打卡也未向上级领导报备，且未办理相关请假手续的按旷工处理，连续旷工达到一定天数可视为严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同。

二、沟通与培训

在制度实施前，公司应组织员工进行培训，确保每位员工都了解并理解新的考勤制度。对于长期不按公司规定打卡的员工，公司应与其进行一对一的沟通，了解其不打卡的原因，并解释公司制度的重要性和必要性。同时，也可以听取员工的意见和建议，看是否有改进的空间。

三、设置试运行期

在正式实施新的考勤制度前，可以设置一个试运行期。在试运行期间，对于未按规定打卡的员工，公司可以采取提醒、警告等方式，而不直接进行处罚。这样既可以让员工有时间适应新的制度，也可以减少因制度突然改变而引发的矛盾。

四、严格执行与公平对待

在试运行期结束后，公司应严格按照考勤管理制度执行。对于长期不按公司规定打卡且经提醒后仍不改正的员工，公司应按照制度规定进行相应的处罚，如扣减工资、警告、记过甚至解除劳动合同。同时，公司应确保制度的执行是公平、公正的，不因员工的职位、部门等因素而有所偏袒。

五、提供必要的支持

如果公司要求员工使用特定的打卡方式（如钉钉打卡），那么公司应提供必要的支持，如提供打卡设备、培训员工如何使用打卡软件等。同时，公司也应考虑员工的隐私权，确保打卡方式不会侵犯员工的个人隐私。

六、法律合规性

在处理员工不按公司规定打卡的问题时，公司应确保自己的行为是符合法律法规的。例如，在解除劳动合同时，公司应确保员工的行为已经达到了合同或制度中规定的解除条件，并且公司已经按照法定程序进行了处理。

七、案例参考

从您提供的案例中，我们可以看到，无论是任中军案还是刘某案，法院在判决时都强调了劳动者应遵守用人单位的规章制度和劳动纪律。在任中军案中，尽管任中军提出了诸多抗辩理由，但法院最终认为公司要求的考勤方式不存在明显不便，也无苛刻之嫌，任中军拒不服从管理的行为构成严重违反公司规章制度，公司解除劳动合同不违法。在刘某案中，刘某因虚假打卡被公司解除劳动合同，法院也支持了公司的决定。

综上所述，处理公司员工长期不按公司规定上班打卡的问题需要公司从制度制定、沟通培训、试运行、严格执行、提供支持、法律合规性等多个方面进行综合考虑和细致操作。希望这些建议能对您有所帮助。