针对员工上班未打卡的处理问题，这确实是一个涉及公司规章制度与员工权益的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公司因员工未打卡而直接按旷工处理或扣减工资，并不一定合法。这主要取决于公司规章制度的合理性、员工未打卡的具体情况以及公司是否尽到了相应的告知和培训义务。
一、公司规章制度的合理性
规章制度内容：公司制定的打卡制度应当合理、明确，且不得违反法律法规的强制性规定。例如，打卡要求不能过于繁琐或严苛，以至于员工难以遵守。
规章制度制定程序：公司规章制度应当经过民主程序制定，并公示或告知员工。如果员工对规章制度不知情，那么公司依据该规章制度对员工进行处理就可能缺乏合法性。
规章制度培训：对于新制定的或修改的打卡制度，公司应当组织员工进行培训，确保员工了解并能够遵守。如果公司未尽到培训义务，员工因不熟悉制度而未打卡，公司不应直接按旷工处理。
二、员工未打卡的具体情况
忘记打卡：如果员工因疏忽或忘记打卡，且能够提供其他证据证明其确实按时上班（如工作记录、同事证言等），那么公司不应直接按旷工处理或扣减工资。
故意不打卡：如果员工故意不打卡，且无法提供其他证据证明其按时上班，那么公司可以根据规章制度对其进行相应处理。但处理前应当确保规章制度已经公示或告知员工，且处理措施与员工的违规行为相匹配。
打卡设备故障：如果因打卡设备故障导致员工无法打卡，公司应当及时修复设备，并允许员工通过其他方式证明其按时上班。
三、公司处理措施的合法性
扣减工资：公司因员工未打卡而扣减工资，必须符合法律法规的规定。如果公司无法证明扣减工资有正当理由（如员工确实存在旷工行为），那么扣减工资就可能构成“克扣工资”，员工可以向劳动部门投诉举报。
解除劳动合同：公司因员工未打卡而解除劳动合同，必须确保员工的违规行为达到严重程度，且公司规章制度已经公示或告知员工。如果公司规章制度不合理或未尽到告知义务，那么解除劳动合同就可能违法，员工可以要求公司支付赔偿金。
四、建议措施
完善规章制度：公司应当制定合理、明确的打卡制度，并确保制度经过民主程序制定、公示或告知员工。
加强培训：对于新制定的或修改的打卡制度，公司应当组织员工进行培训，确保员工了解并能够遵守。
提供多种打卡方式：为了方便员工打卡，公司可以提供多种打卡方式（如手机APP打卡、指纹打卡等），并确保打卡设备正常运行。
建立申诉机制：如果员工对公司的处理措施有异议，公司应当建立申诉机制，允许员工提出申诉并给出合理答复。
综上所述，公司因员工未打卡而进行处理时，应当确保规章制度的合理性、员工未打卡的具体情况以及处理措施的合法性。如果公司处理不当，员工有权向劳动部门投诉举报或要求公司支付赔偿金。