人社部门发现企业未批先建且未交农民工工资保证金，进行处罚是合法的。以下从几个方面进行详细分析：
一、法律依据
《保障农民工工资支付条例》的相关规定：
- 根据《保障农民工工资支付条例》第五十七条，有下列情形之一的，由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门按照职责责令限期改正；逾期不改正的，责令项目停工，并处5万元以上10万元以下的罚款：
- 建设单位未依法提供工程款支付担保；
- 建设单位未按约定及时足额向农民工工资专用账户拨付工程款中的人工费用；
- 建设单位或者施工总承包单位拒不提供或者无法提供工程施工合同、农民工工资专用账户有关资料。
- 虽然该条款未直接提及“未批先建”和“未交农民工工资保证金”，但条例中明确规定了建设单位和施工总承包单位在保障农民工工资支付方面的责任和义务。未批先建可能违反了工程建设的相关审批程序，而未交农民工工资保证金则直接违反了保障农民工工资支付的相关规定。
地方性法规或规章：
- 各地可能根据实际情况制定了关于农民工工资保证金的具体管理办法或实施细则。这些地方性法规或规章通常会明确规定企业未缴纳农民工工资保证金的法律责任和处罚措施。
二、处罚的合法性
行政处罚的法定原则：
- 行政处罚必须依据法律、法规或规章的规定进行。人社部门作为行政机关，在发现企业存在违法行为时，有权依据相关法律法规进行处罚。
未批先建与未交保证金的关联性：
- 未批先建可能反映了企业在工程建设管理上的不规范，而未交农民工工资保证金则直接关系到农民工的权益保障。两者虽然性质不同，但都可能对工程建设秩序和农民工权益造成不良影响。因此，人社部门在发现企业存在这两种违法行为时，有权依法进行处罚。
处罚的合理性：
- 处罚的目的是为了纠正违法行为、维护公共利益和社会秩序。对于企业未批先建且未交农民工工资保证金的行为，处罚不仅可以促使企业改正违法行为，还可以起到警示和震慑作用，防止类似行为再次发生。
三、实际操作中的建议
人社部门在处罚前应进行充分调查：
- 在处罚前，人社部门应对企业的违法行为进行充分调查，收集相关证据，确保处罚的合法性和合理性。
处罚应依法进行并告知企业权利：
- 处罚决定应明确告知企业违法事实、处罚依据和处罚内容，并告知企业有权申请行政复议或提起行政诉讼。
加强与相关部门的沟通协调：
- 人社部门在处罚过程中应加强与建设、规划等相关部门的沟通协调，共同维护工程建设秩序和农民工权益。
总结来说，人社部门发现企业未批先建且未交农民工工资保证金时，依据相关法律法规进行处罚是合法的。在实际操作中，人社部门应依法进行处罚，并加强与相关部门的沟通协调，共同维护工程建设秩序和农民工权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。